农村基层党组织建设与村民自治的关系定位与架构，实际上是一个关系到农村基层治理模式，并进而影响到农村改革、发展和稳定的大问题，是发展中国农村基层民主政治的关键环节。两者之间关系状况，直接影响到农村地区经济发展和社会稳定，影响到基层民主政治建设的推进，影响到党的形象和党在农村的领导地位。 农村基层党组织建设与村民自治的关系是错综复杂的，处理好两者之间的关系，必须从整体上来把握。根据唯物辩证法观点，本文将农村基层党组织建设与村民自治关系大致归纳为“十性”：即党领导农村推行村民自治的必然性、村党组织与村民自治组织建设的不可替代性、坚持党的民主集中制与村民自治工作机制的关联性、村民自治工作方法与党的群众路线的统一性、村党支部与村委会制度建设的互补性、提高村支两委班子素质的必要性、加强与改善党的领导对搞好村民自治工作的重要性、村党支部与村民自治的主要目标要求的一致性、农村基层党组织建设与村民自治工作基础的相融性、村党组织建设与村民自治最终走向的同一性。在这个全面的系统的概括中，既对中国农村基层党组织建设与村民自治关系进行了历史考察，又对中国农村基层党组织建设与村民自治关系进行了构成分析，并提出了影响中国农村基层党组织建设与村民自治关系的主要因素，还对中国农村基层党组织建设与村民自治关系进行了前景展望。 “三个代表”重要思想的提出，对农村基层党组织建设与村民自治工作提出了新的更高的要求。尤其是农村经济的快速发展，带来了农村产业组织形式的新的变化，农村基层党组织建设与村民自治的关系既面临着严峻的挑战，也有着更加明晰的发展前景。按照矛盾转化的观点，必须深刻认识到两者之间的同一性，使农村基层党组织建设与村民自治关系得到升华。