白木香[Aquilaria sinensis（Lour.）Spreng.]瑞香科（Thymelaeaceae）沉香属（Aquilaria Lam.）植物,是国产沉香的唯一基源植物。海南白木香资源丰富,是国产沉香的主要产地,所产沉香品质上乘,深受古今中外沉香爱好者的喜爱。近年来对白木香种质资源研究发现,人工栽培的品种/良种缺乏系统选育,存在种质基源各异、参差不齐,对白木香群体遗传学缺乏系统了解等问题。调查发现,当前海南本土野生白木香资源仅有零星的残存,同时也发现一些新的具有较高变异性、特殊表型性状的实生苗变异植株。这些资源有可能是自然杂交或突变形成,也可能是因多次进行无性繁殖嫁接产生,其来源和亲缘关系不明。因此本研究运用形态学和ISSR分子标记对51份白木香种质的表型特征和亲缘关系进行研究分析,为白木香新品种/良种的选育和创制提供数据,为沉香树种植产业结构升级调整,带动香农增收,推动世界沉香产业的快速和可持续发展作出贡献。主要研究结果如下:（1）叶片表型性状研究:对51份白木香种质资源的16个叶表型性状多样性进行形态学分析,通过一般描述性统计、相关性分析、主成分分析和聚类分析等统计学方法,探讨其数量分类标准和亲缘关系。其中白木香叶片数值型性状的变异系数为12.54%-28.54%,Shannon多样性指数范围为0.098-1.778。（1）相关性分析结果表明,叶面积与叶长、叶宽和叶柄长,叶长与叶宽、叶柄长,叶背囊泡有无与二级脉隆起程度,呈极显著正相关（P＜0.01）;长宽比与叶面积、叶宽、叶柄长,叶形与二级脉隆起程度、叶背囊泡有无,叶尖与叶背囊泡有无,呈极显著负相关（P＜0.01）;叶宽与叶厚呈显著正相关（P＜0.05）;叶厚与长宽比呈显著负相关（P＜0.05）。（2）主成分分析结果表明,前5个主成分的累积贡献率达到69.9%,其中第1主成分与叶片二级脉性状（二级脉分叉角、密集程度和隆起程度）、叶缘平整度和叶片大小有关;第2主成分与叶片形态有关;第3主成分与叶片颜色和叶片长宽比有关;第4主成分与叶片对称性有关;第5主成分与叶片叶柄长有关。（3）聚类分析结果表明,51份白木香实验材料欧式距离范围为0.707-11.197之间,10号与12号种质的欧式距离最小,为0.707,两者的亲缘关系最近;42号与51号种质的欧式距离最大,为11.197,两者亲缘关系最远,其它材料之间的亲缘关系位于两者之间;遗传距离为10.0处,可将供试材料分为4个类群。（2）ISSR分子标记研究:（1）扩增结果显示筛选的10条引物共扩增出85条条带,平均每条引物扩增出8.5条,其中有60条具有遗传多态性。（2）通过遗传多样性分析发现,51份白木香种质资源材料间遗传相似系数在0.6353-0.9647之间,遗传距离为0.0359-0.4537,平均遗传相似性系数为0.7830。（3）通过UPGMA聚类分析,建立51份白木香种质树状聚类图谱,在遗传相似系数为0.80处,可将供试材料分为6大类,1-9号、13-17号和22-23号共16份种质被聚为类群Ⅰ;18-21号和24号共5份种质被聚为类群Ⅱ;25-39号共计15份被聚为类群Ⅲ;40-48号共计9份种质被聚为类群Ⅳ;49-51号共计3份种质被聚为类群Ⅴ;10-12号共计3份种质被聚为类群Ⅵ。（3）形态学与分子生物学对比分析:综合形态学和分子生物学研究结果发现,两种方法得到的聚类结果不完全相同。其中最具代表性的相同点主要表现在10号、11号和12号种质在形态聚类图、分子聚类图和群体聚类图中,都表现出了独特的单一性,即在不同遗传距离中都被聚为单独类群。该类群种质相比其它类群具有叶厚、叶面积大、叶缘波状等形态特点,三种聚类图的相互印证表明,10号、11号和12号亲缘关系较近,可能为同一份种质。不同点主要表现为在形态聚类图中拥有相似表型特征的种质聚类,与在分子聚类中并未分为一类,同时在分子聚类图中聚集的种质在形态聚类图中较为分散,这可能是由于植物表型性状的差异受环境和基因共同影响作用,以及假阳性现象的出现有关。本研究通过对51份白木香种质资源叶片形态和分子生物学的综合分析发现在白木香种质利用和育种时,叶片较厚的种质亲缘关系较近,能够单独划为一类。研究为白木香种质资源创新利用和生产上的分类划分提供了一定的科学依据。