非基督教运动是一场反帝爱国运动，其产生有深刻的思想根源和现实因素。运动伊始，早期中国共产党人便积极投入其中，并逐渐成为领导者。早期中国共产党通过组织领导非基督教运动，在启发广大青年学生觉悟的同时，也锻炼了自己的干部，扩大了中国共产党的影响。早期中国共产党人还对基督教的根本教义、教理进行了批驳，否认了宗教与道德的必然联系，批判了基督教的“人格救国”论和所办社会事业，同时对基督教的侵略性予以深刻的揭露，指出基督教是帝国主义文化侵略的先锋。 非基督教运动时期，陈独秀在对基督教进行批驳的同时也肯定了基督教精神的伟大，他对基督教的好感要远多于孔教，受当时各种社会思潮的影响，从社会的实际需要出发，陈独秀基督教观经历了两次转变，这体现了他性格中矛盾复杂的一面，但他关于宗教的各类论述表明他仍然是无神论者和科学主义的坚定守护者。李大钊参加了非宗教大同盟的组织和活动，坚决支持非基督教运动，其宗教观是立于唯物主义基石上的，他从物质经济变动的角度揭示了宗教的产生和发展，并指出善恶根源的不可解是宗教产生的一个原因。在彻底批判宗教的同时李大钊还提出以真理取代宗教的科学的宗教观。唯物主义史观的合理运用是李大钊宗教观具有彻底性和革命性的根本原因。恽代英作为五四时期激进知识分子和马克思主义者，在积极参加并领导非基督教运动的过程中逐渐深化了对宗教的认识，确立了彻底无神论、非宗教的宗教观。在主张宗教信仰自由的同时，恽代英从爱国主义角度出发，坚决维护国家主权，反对教会侵略，其宗教观是无产阶级宗教观的集中体现。 与此同时，社会各界从不同的立场和角度出发对非基督教运动表达了不同的态度。中国国民党和中国青年党从反帝反封建的革命立场出发对非基督教运动给以不同程度的默许和支持，是非基督教运动顺利开展的重要因素。各地军阀政府对非基督教运动的一致镇压和抵制说明封建军阀已经成为中国社会进步的障碍，成为中国共产党领导的新民主主义革命的对象。外国教会和传教士从传教的立场出发开始支持中国教会的革新运动，在民族主义高涨的形势下，中国教会加快了教会自立和木色化的进程。 非基督教运动和非宗教运动的顺利进行为马克思主义的传播提供了历史契机，马克思主义作为中国共产党的指导理论在非基督教运动发展的同时得到了广泛传播并初步显示了优越性，双方是一个互相影响、互相推动的历史过程。早期中国共产党作为非基督教运动的领导，在运动中起了重大作用。尽管早期中国共产党在非基督教运动中有局限性，带有“左”的倾向，但是年幼的中国共产党很快总结了经验教训，使全党对宗教的认识更为深刻，为以后制定正确的宗教政策提供了经验借鉴。