为研究新疆IBV的分子流行病学的背景及遗传背景，发展有效地新型的疫苗，我们从新疆乌鲁木齐市爆发传染性支管炎的鸡群中分离出一株病毒，通过电镜观察、动物回归实验及血凝特性研究等实验确定为鸡传染性支气管炎病毒（IBV-XJ₃）。用RT-PCR扩增出了IBV-XJ₃的免疫原基因S1，将其克隆到pUC19载体中，经蓝白斑筛选、酶切鉴定、PCR鉴定筛选出重组阳性质粒。经测序后，用软件GENERUNNER、CLUSTAL X及TREEVIEW，与GENEBANK中选出的IBV的8株国外参考株，5株国内分离株的序列进行遗传变异分析发现：IBV-XJ₃与8株国外参考株的同源性均小于80％，与国内株JX/99/01的同源性达87％，与国内疫苗株QX同源性达96％，与其他国内分离株同源性均小于80％，证实IBV-XJ₃为不同于国外参考株的变异株。在此基础上，我们构建了IBV-XJ₃S1基因的鸡痘病毒表达载体，为今后基因工程疫苗的研制打下了基础。