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丛枝菌根真菌(Arbuscular mycorrhizal fungi, AMF)能与世界上80%以上的植物形成丛枝菌根(Arbuscular mycorrhiza, AM)共生体,是宿主植物范围最广泛的菌根真菌。深色有隔内生真菌(Dark septate endophytes, DSE)是近二十年来受到广泛关注的一类根内生真菌,也具有广泛的宿主植物和生态分布。本研究在云南个旧、丽江、昆明、澜沧、会泽等五地不同生态条件下选取了在自然界不能或不易形成菌根的“非菌根植物”进行调查,对AMF和DSE在这些植物根系上的自然定殖状况进行了形态学分析；对植物根中的DSE进行了分离培养和分子鉴定；最后还以重金属矿区和非矿区生长的中华山蓼(Oxyria sinensis)为材料,对根内真菌的分子多样性进行了分析。取得如下主要研究结果：(1)在43种被调查的植物(192个样本)中AMF出现在31种植物118个样本中,而DSE出现在41种植物168个样本中,AMF总感染率为61.46%,DSE的总感染率为87.50%；在被AMF定殖的样本中,AMF感染程度变化范围在0.44%～10.56%之间,在被DSE定殖的样本中,DSE感染程度变化范围在0.56%～47.56%之间。(2)对从个旧、昆明、会泽“非菌根植物”根内分离出来的菌株作了分子鉴定,结果表明所分离的菌株涵盖了多个种属,个旧分离到的菌株以Cladosporium、 Chaetothyriales为主,昆明的菌株以Phialophora、Spirosphaera为主,会泽的菌株以Exophiala、Cyphellophora为主。(3)利用高通量测序技术对生长在矿区和非矿区的中华山蓼(Oxyria sinensis)根内生真菌多样性进行了分析,发现中华山蓼根内生真菌丰度、多样性在矿区与非矿区之间差异较大：矿区的根样内生真菌种类比非矿区的丰富,且矿区样本之间的真菌组成差异较大,而非矿区样本之间真菌组成相对均匀。结论：DSE普遍定殖于“非菌根植物”内,比丛枝菌根真菌AMF有着更广泛的宿主植物范围；不同地点“非菌根植物”根内生真菌的组成和优势类群差异较大；矿区和非矿区生长的同种植物(中华山蓼)根内生真菌组成差异较大。