第一部分 K型谷胱甘肽转移酶的晶体结构研究;第二部分 底物诱导的甲醇脱氢酶辅基的构型变化

来源 :中国科学院上海有机化学研究所 | 被引量 : 0次 | 上传用户:canoe
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谷胱甘肽转移酶(glutathione transferases,简称GSTs)是广泛存在的具有解毒功能的一类超家族酶。它通过催化各种疏水底物和还原型谷胱甘肽(reduced glutathione,简称GSH)的巯基发生偶联反应,使产物的水溶性增加,毒性降低,易于排出体外。κ型GST(简称GSTK)是存在于线粒体的,人们了解较少的类型。最近报道来自人的GSTK(简称hGSTK)还定位在过氧化酶体中,除了谷胱甘肽转移酶的活性以外,还具有低的过氧化酶活性。   本论文表达纯化了hGSTK蛋白并生长了两种晶型的晶体。我们用多对同晶置换法测定了hGSTK晶型B的结构:用浸泡法制备了hGSTK晶型B的重原子衍生物,用SOLVE程序自动解析重原子的位置,并用RESOLVE程序进行电子密度修饰,计算得到hGSTK晶型B在3(A)分辨率的电子密度图,用程序O和TURBO完成一个亚基的肽链跟踪,建立了初始模型。然后用这个初始模型作为搜索模型分子,用分子置换法得到晶型A的初始模型。用CNS程序进行hGSTK晶型A的结构精修,最终1.93(A)分辨率下的R因子为17.9%,Rfree为20.3%。   结果表明hGSTK和最近报道的来自鼠的GSTK(简称rGSTK)在三维结构上非常相似。GSTK为二聚体,每个亚基由两个结构域组成,即含硫氧还蛋白拓扑结构的结构域Ⅰ(简称TRX-like结构域)和富含α-螺旋的结构域Ⅱ。其他类型GST的结构域Ⅰ和结构域Ⅱ之间都是由一个肽段连接,而在GSTK中结构域Ⅰ被分成两个部分,结构域Ⅱ则是插入到这两个部分之间。另外,在hGSTK的结构中,底物GSH的巯基被氧化成为亚磺酸基团,结合在活性中心(G位点)的是谷胱甘肽亚磺酸(glutathione sulfinate,简称GSF)。虽然GSTK与其它类型GSTs之间完整的一级结构同源性和整体三维结构的相似度很低,但如果只对TRX-like结构域的序列和三维结构进行比较,可以发现,κ型与θ型之间比κ型与其它类型GSTs之间的序列同源性和三维结构的相似性都要高一些,说明κ型与θ型之间比与其它类型GSTs之间在进化过程中有更为密切的关系。而hGSTK的TRX-like结构域与谷胱甘肽过氧化酶(GPx)也很相似,暗示着GST与GPx在进化过程中也有联系。   甲醇脱氢酶(methanol dehydrogenase,简称MDH)是存在于甲基营养菌中含有辅基pyrroloquinoline quinone(简称PQQ)的酶,它能催化甲醇氧化为甲醛的反应。据报道,其它伯醇也可以作为反应底物。根据本课题组以往测定的来自细菌MethylophilusW3A1(简称W3A1 MDH)在1.9(A)分辨率的结构中,辅基PQQ的C5原子为四面体构型,处于还原态。该结果以及国外报道的其它含辅基PQQ的脱氢酶的结构研究,表明该反应为酸/碱催化的氢转移机理。   本论文用接种法制备了W3A1 MDH分别在高浓度甲醇或乙醇存在下的晶体(简称MEDH-MEOH和MEDH-ETOH),属于新晶型。用分子置换法测定新晶型母体的晶体结构,再用差值傅立叶变换法分别得到MEDH-MEOH和MEDH-ETOH的结构。用CNS程序精修,最终分辨率为1.6(A)和1.7(A)。   对MEDH-MEOH和MEDH-ETOH活性中心结构进行了比较。MEDH-MEOH的PQQC5原子是四面体构型,为C5-还原态;而MEDH-ETOH的PQQ为平面构型,处于氧化态。在这两个结构中,PQQ的5位羰基附近都有一个水分子。这些结果表明,乙醇可能因为较大的空间位阻,因此不能进入活性口袋,PQQ保持平面构型;而底物甲醇存在时,发生了酶反应,导致了PQQ的C5原子的构型发生了变化。由此说明,PQQ构型的变化是由底物诱导的。
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