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运用蛋白质组学技术对大豆（Glycine max）N2899种子萌发0h、8h、36h、60h四个时期蛋白质的差异表达情况进行了研究。结果发现，在考染的双向电泳pH3-10的胶上，PDQuest图像分析软件可识别的点约350个，其中表达量变化2倍以上的蛋白点有31个，而绝大部分大豆种子贮藏蛋白在萌发期尚未降解。在萌发的第一阶段，31个差异蛋白中有13个蛋白的丰度发生变化；第二阶段，差异蛋白的种类和表达量增加，其中21个蛋白是动态变化的；17个蛋白在胚根突破种皮时表达量达到峰值，表明吸胀后种子内的生命活动越来越强。对这31个差异蛋白点进行胶内酶解，用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱测定均获得肽质量指纹图谱。搜索大豆的UniGene库初步鉴定出7个蛋白，分别是球蛋白A（1a）B1b亚基、核苷二磷酸激酶、3-磷酸甘油醛脱氢酶、热激蛋白、硫氧还蛋白、35kDa种子成熟蛋白及种子成熟蛋白PM36。本文对这些蛋白在种子萌发过程中可能的作用进行了讨论。采用相同的方法研究了非致死浓度100mM NaCl处理下Lee68和N2899种子萌发的差异表达蛋白。pH3-10的2-D胶上可检测到的点约350个，而pH4-7的2-D胶上检测到约650个蛋白点，其中18个蛋白点盐处理后表达量发生变化，搜索大豆的UniGene库初步鉴定出9个蛋白，如铁蛋白、20S蛋白酶体B亚基、GST9、GST10、种子成熟蛋白PM36等，表明其在盐胁迫种子萌发的防御体系中具有重要的作用。同时我们还测定了盐胁迫下萌发种子的内源激素IAA、GA、ABA和iPAs的含量，除iPAs外，其它激素在盐处理Lee68的变化幅度及含量均高于N2899，而且14个蛋白盐处理后在两个品种中表达量变化方式不同，这些可能与品种抗性关系密切。本研究有助于理解盐胁迫分子机制。转gagal基因大豆T5代PCR和SDS-PAGE鉴定结果表明外源基因gagal影响T5代大豆种子贮藏蛋白的组成，且蛋白质呈多态性。