微囊藻（Microcystis）能产生使人和动物肝脏受损微囊藻毒素（Microcystin），长期饮用含有微囊藻毒素的水能导致肝癌，毒素能经生物富集通过各种途径威胁人类健康；另外微囊藻大量繁殖形成水华还会引起严重的生态环境问题，因此引起国内外广泛关注。目前关于微囊藻分类研究仍旧比较混乱，传统的微囊藻分类学是以藻株形态特征为依据，但由于形态特征随环境条件变化较大，而且同种微囊藻具有不同的表型，有些藻株还有很多混合形态和过渡形态，所以形态学鉴定经常会出现错误。另外，很多研究表明微囊藻基因型远远多于形态种，形态分类会大大低估微囊藻多样性和潜在特征，利用分子生物学方法研究微囊藻势在必行且具有优势。本文分别采用通过细胞培养经DNA提取后PCR和全细胞PCR方法测定了广东省8座大中型水库18株、广州市景观湖泊60株微囊藻rDNA ITS序列，并结合GenBank中下载的37株共计115株微囊藻rDNA ITS序列，测序长度477bp，除去ITS区两端较保守序列取有效比对长度368bp，发现可变位点65个，占总碱基含量17.66%；简约信息位点48个，占总碱基含量13.04%。四种碱基T、C、A、G的平均含量分别是18.1%、20.3%、35.1%、26.5%，A的含量明显高于其它3种碱基。(A+T)/(C+G)为53.2/46.8，(A+T)含量略高于(C+G)。藻株之间遗传距离在0.000-0.0650之间，不同形态种之间遗传距离在0.0255-0.0450之间，不同地理来源的藻株之间的遗传距离在0.0322-0.0464之间。从分子系统树的位置看，相同或相近形态的藻株在分子系统树上处于相同或相距较远的分支上，具相同或相近形态的微囊藻未能明确区分开来；不同形态藻株具有相同或不同的单倍型，在分子系统树上处于相同或较远的分支，不同形态的藻株并不能明确区分开来；一些地理来源相同的藻株位于相邻或较远的分支上，而另一些地理来源不同藻株在分子系统树上处于较远或相邻的分支上，相同地理来源的藻株未能明确区分开来。不同地理来源微囊藻亦未能明确地区分开来。广州市湖泊微囊藻遗传分化结果表明遗传多样性较低，形态特征相似的藻株单倍型没有相关性，不同湖泊藻株和单倍型也不存在相关性。另外，不同湖泊微囊藻形态种种类组成与丰度各不相同，不同湖泊中的遗传多样性与遗传分化程度亦不一致，结合前人研究结果表明不同湖泊微囊藻遗传背景不同，应因地制宜，因湖对待，才能更好地监测与防治微囊藻水华发生。用分子生物学方法对微囊藻分类鉴定和遗传多样性研究已经取得了一系列的成就，也存在很多问题，如分子标记研究结果与传统分类系统的冲突与矛盾等，要整体了解微囊藻的起源、分布扩散机制、遗传背景和多样性，需要从形态学、生物地理学、生态学和生理生化等方面利用新的方面综合分析，逐步建立完整的体系。