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干扰素调节因子是调节干扰素以及干扰素相关基因的转录因子,到目前为止,在哺乳动物和鸟类中共发现10种干扰素调节因子IRF-1-10。IRF-10是其中一种重要的调节因子,它能促进IFN-γ两个主要目标基因(主要组织复合体Ⅰ,MHCⅠ和鸟苷酸结合蛋白)的表达,但迄今为止,IRF-10的报道只见于红原鸡(Gallus gallus)。IRF-5在Ⅰ型IFN表达、RIG-Ⅰ和Toll-like信号通路以及淋巴细胞的分化和细胞凋亡中发挥重要作用,但关于它的研究主要集中在哺乳动物,IRF-5和IRF-10在鱼类中均未报道。本文利用RACE方法扩增得到草鱼的两个干扰素调节因子IRF-5和IRF-10,并研究其在草鱼各个组织和早期发育阶段的表达以及诱导表达情况。草鱼IRF-10 cDNA全长1501 bp,开放阅读框包含1197 bp,编码397aa的多肽,5′非编码区长138 bp,3′非编码区长169 bp。推测的草鱼IRF-10氨基酸序列与两栖类、鸟类和其他鱼类IRF-10氨基酸序列在全长上有46.9～79.2%的相似性,在DNA结合域上有75.5～94.3%相似性,在干扰素调节因子关联结构域上有40.4～67.4%相似性。草鱼IRF-10基因组DNA全长3357 bp,包含8个外显子和7个内含子。虽然不同物种IRF-10基因组DNA的长度变化很大,可从10.11 kb变化到2.662 kb,但这种差异主要是由于内含子造成的,外显子的长度变化不大。这些说明IRF-10在进化上是非常保守的。用基因步移法和Tail-PCR方法扩增到草鱼IRF-10 5′端672 bp的启动子序列,结果表明,草鱼启动子缺乏典型的TATA box,但含有16个干扰素调节因子分子结合序列GAAA/TTTC,2个IRF-8结合位点和1个IRF-2结合位点。早期发育阶段IRF-10表达研究表明：IRF-10在6 hpf的受精卵中表达量最高,随后逐渐下降,直至5 dph仔鱼,8 dph仔鱼IRF-10表达又开始上升。使用pQE-30载体对gcIRF10进行原核表达,制备多克隆抗体,Western blot和RT-PCR显示IRF-10在健康草鱼脾脏,肝脏,头肾,中肾,心脏,脑,鳃,皮肤和肌肉中均有表达,其中脾脏和中肾中表达量很高。半定量PCR和Western blot显示草鱼IRF-10在mRNA水平上和蛋白水平上表达规律基本一致,即组成型表达于各个组织或器官,在中肾、肝脏和脾脏的表达量相对较高。实时荧光定量PCR揭示草鱼呼肠弧病毒(grass carp reovirus, GCHV)和柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)均能诱导脾脏和头肾中IRF-10的表达。草鱼IRF-5 cDNA全长1821 bp,开放阅读框包含1560 bp,编码519个氨基酸。比较草鱼IRF-5与其他物种的IRF-5氨基酸序列发现,草鱼IRF-5与哺乳动物、鸟类、两栖类以及其他鱼类的IRF-5全长相似性为34.5～83.9%,草鱼IRF-5与斑马鱼(Danio rerio)的IRF-5相似性最高,两者在DNA结合域和干扰素关联结构域相似性分别高达96.2%和95.0%。草鱼IRF-5基因组DNA全长6075 bp,包含9个外显子和8个内含子。RT-PCR显示IRF-5在健康草鱼脾脏,肝脏,头肾,中肾,心脏,脑,鳃和皮肤中均有表达,其中脾脏和中肾中表达量很高。早期发育荧光定量PCR揭示IRF-5在草鱼6 hpf受精卵中表达量很高,在出膜前后表达量较低,随后又逐渐上升。实时荧光定量PCR揭示草鱼呼肠弧病毒(grass carp reovirus, GCHV)和柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)均能诱导草鱼脾脏和头肾中IRF-5的表达。趋化因子CXCL13及其受体CXCR5在B细胞的产生、迁移和归巢中发挥重要作用。因而本研究也克隆了草鱼CXCR5 cDNA和基因组DNA序列。草鱼CXCR5 cDNA全长1518 bp,包含43 bp的5′非编码区和332 bp的3′非编码区,开放阅读框长1143 bp,编码381 aa,含有7个跨膜区,其典型的结构特征主要位于胞外区和第3至第7个跨膜区上,属于G蛋白偶联受体家族的成员。系统进化树表明草鱼CXCR5与其他物种的CXCR5聚为一支,与哺乳动物、鸟类和其他鱼类的CXCR5相似性达37.6～66.6%。草鱼CXCR5基因组全长2081 bp,包含两个外显子和一个内含子。实时荧光定量PCR揭示CXCR5在草鱼各个组织或器官均有表达,在中肾表达量最高,其次为脾脏。CXCR5在草鱼早期发育各个时期均有表达,包括受精卵和仔鱼。免疫刺激物肽聚糖(PGN)、脂多糖(LPS)、聚肌胞苷酸(Poly I:C)、植物血球凝集素(PHA)均能调控草鱼各个组织CXCR5的表达。这些为进一步研究CXCR5与其配体结合的结构、功能分析以及信号转换中的作用提供帮助。