基于“互联网+”的伪狂犬病毒流行性病学及基因组服务平台研究

来源 :华中农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:may523
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2011年至今,Pseudorabies virus(PRV)变异毒株引起国内许多Bartha-K61免疫猪场频繁爆发伪狂犬病,相比经典PRV,变异毒株表现出更强的毒力和致病力,对我国养猪业造成了巨大经济损失。且PRV已显示出其在中国引起人类感染的能力,因此采取行动控制PRV的传播并最终实现该病的根除对养猪业和人类健康都具有重要意义。通过互联网+技术与伪狂犬病毒研究相结合,建立一个自主版权的PRV流行病学及基因组服务平台对PRV的流行病学研究分析具有一定的实际应用价值。PRV基因组GC含量高达74%,难以测序,本研究利用合作单位华中农业大学动物医学院提供的105条PRV毒株数据和35条NCBI公开的具有全基因组序列PRV毒株数据建立了伪狂犬病流行病学数据集和伪狂犬病毒基因组数据集。同时,结合互联网+技术,使用Java Spring Boot框架建立了一个伪狂犬病毒流行性病学及基因组服务平台,为用户提供PRV流行病学数据服务和PRV基因组数据服务。在PRV流行病学数据服务部分,本研究利用Geographic Information System(GIS)地理信息技术实现了伪狂犬病毒毒株地理分布动态可视化展示服务、伪狂犬病毒毒株流行病学数据查询服务、伪狂犬病毒毒株流行病学数据下载服务以及伪狂犬病毒毒株流行病学数据上传服务。在PRV基因组数据服务部分,本研究实现了PRV系统发育树的构建分析、GO富集分析和基因组注释及特征分析功能。本研究首次结合互联网+技术建立了一个PRV流行病学及基因组服务平台,为所有从事伪狂犬病毒研究的人员提供数据查询、下载、分析等服务,对PRV变异株的致病性及分子特征研究以及伪狂犬病的防控工作均有重要意义,同时可为养猪企业建场选址提供查询、指导服务。
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