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本文基于硅藻生物完整性指数，对评价辽宁省清河流域的水质状况进行适用性分析，进而分别研究了硅藻和鱼类的生物完整性，并进行水质评价。2009年9月至2010年9月，对清河流域12个位点的着生硅藻进行了生物调查，针杆藻属（Synedra sp.）、脆杆藻属（Fragilaria sp.）、桥弯藻属（Cymbellasp.）、舟形藻属（Navicula sp.）、等片藻属（Diatoma sp.）和直链藻属（Melosirasp.）等为主要种属，着生硅藻的季节性变化明显，各支流间着生硅藻密度存在差异。选取2010年9月对清河流域12个位点的着生硅藻调查结果，根据硅藻香农多样性指数确定了5个相对清洁位点和7个受污染位点，应用SPSS统计软件对10个硅藻生物指数进行了辨别力分析、Pearson相关分析。结果表明，硅藻香农多样性指数、敏感性硅藻百分比和IDP硅藻指数最适合清河流域的水质生物学评价。采用5、3、1生物指数记分法统一量纲后，获得分值范围在315的硅藻完整性指数（D-IBI），利用四分法划分清河流域水质级别的标准：13～15，较好；10～12，一般；7～9，较差；3～6，差，并对12个位点进行了重新评价，评价结果与所测定的DO、pH、TP、TN、NH3-N、COD和BOD5等水质指标的评价结果一致。总的看来，该硅藻完整性指数（D-IBI）基本适宜于评价清河流域的水质状况。2011年7月对清河流域10个位点进行了着生硅藻和鱼类的生物调查，同时测定了DO、pH、TP、TN、NH3-N、COD、BOD5和挥发酚等水质指标。共检测到着生硅藻14属，以桥弯藻属（Cymbella sp.）、舟形藻属（Navicula sp.）、胸膈藻属（Mastogloia sp.）为优势种；鱼类14种，以北方花鳅（C.granoci Rendahl）、北方泥鳅（M.bipartitus）、辽宁棒花鱼（A.Liaoningensis）和北方须鳅（B.nuda）为优势种。根据水质的综合污染指数确定了7个相对清洁位点和3个受污染位点，分别对10个硅藻生物指数和14个鱼类生物指数进行了筛选，得到了敏感性硅藻百分比、硅藻香农多样性指数和IDP硅藻指数3个硅藻生物指数，耐污性鱼类百分比、植食性鱼类百分比和鱼类香农多样性指数3个鱼类生物指数，采用5、3、1生物指数记分法分别对其统一量纲后，得到硅藻完整性指数和鱼类完整性指数。硅藻完整性指数对10个位点进行评价的结果显示，清河流域的水质状况属于较差至一般；而鱼类完整性指数的评价结果高于硅藻完整性指数的评价结果，其在清河流域的适用性还有待进一步研究。