哈氏噬纤维菌CHU0344蛋白分泌机制以及CHU1796基因功能的研究

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21世纪人们生存发展面临的最严峻的挑战是能源危机、环境污染的问题。发展可持续的、绿色能源来代替石油等化石资源的呼声越来越高。生物质能是地球上最丰富的可再生资源,其主要成分是木质纤维素,对木质纤维素的开发利用逐渐受到了人们的重视。因此揭示自然界中高效的纤维素降解机制对于更好的开发利用纤维素资源具有重要意义。哈氏噬纤维茵(Cytophaga hutchinsonii)是好氧的革兰氏阴性细菌,在自然界中分布广泛,能快速且彻底地降解结晶纤维素。哈氏噬纤维菌可能有独特的纤维素降解机制,因为其胞外不分泌游离的纤维素酶也没有纤维小体的结构。研究发现在牙龈卟啉单胞菌中存在一种新型的蛋白分泌系统por secretion system (PorSS),主要介导胞外蛋白酶跨外膜的运输。而预测分析哈氏噬纤维菌中存在全套的por基因,暗示哈氏噬纤维菌中也存在这样的蛋白泌系统。哈氏噬纤维菌可以在琼脂表面或者玻璃表面快速滑动,但是并没有鞭毛或纤毛的结构,滑动的机制也是未知的。哈氏噬纤维菌降解纤维素时菌体有序的排列在纤维素纤维上,研究人员猜测滑动与降解存在着某种关联。本文主要初步探索了CHU0344蛋白的分泌机制,并且研究了哈氏噬纤维菌中两个por的同源基因CHU0170和CHU3237对CHU-0344蛋白分泌的影响,同时还对了CHU-1796的基因功能进行了研究,进一步研究了哈氏噬纤维菌的滑动与降解的关系。CHU0344蛋白是哈氏噬纤维菌胞外主要的分泌蛋白之一,能特异性的吸附结晶纤维素。生物信息学分析显示其C端有一个含77aa的CTD结构,说明其可能是经由新型的PorSS进行运输的,即为PorSS的底物蛋白。本文研究发现,CHU0344蛋白在大量分泌到胞外的同时,也有一定量定位在膜上。对胞外蛋白进行western blot,结果显示胞外蛋白CHU0344蛋白不是以单一分子量的蛋白存在,而是有两条不同分子量的蛋白条带,分子量大小分别为60-80kDa之间以及40kDa左右。在CHU0344缺陷株的胞外蛋白中,出现两个表达量明显上调的蛋白:CHU0878和CHU1608,它们功能未知但均含有CTD结构,可能在CHU0344蛋白缺失后在功能上起补偿作用。为了验证CTD的功能,我们对敲除CHU0344蛋白C末端por-secre-tail的突变株Δ0344-pst的胞外蛋白进行western blot验证后发现,CTD缺失后,胞外CHU0344蛋白条带消失,初步推测CTD的结构对CHU0344蛋白的分泌具有一定的影响。哈氏噬纤维菌中存在全套的por基因,我们初步研究了在哈氏噬纤维菌中两个por的同源基因CHU0170(porP)以及CHU3237(porU)对CHU0344蛋白的分泌的影响,突变株A0170的胞外蛋白SDS-PAGE以及western blot验证结果显示CHU0170基因的对CHU0344蛋白的分泌有一定程度的影响。A3237的胞外蛋白SDS-PAGE和western blot结果显示CHU0344蛋白条带在Δ3237胞外缺失,同时,在90Kda左右出现一条信号较弱的蛋白条带,其与CHU0344实际预测分子量大小相符,推测为未剪切掉CTD的完整的CHU0344蛋白。同时胞外蛋白质谱鉴定结果显示,突变株中蛋白种类减少,丰度降低,缺失的蛋白多为PorSS的底物蛋白。说明,CHU3237影响了CHU0344蛋白分泌,同时也影响了PorSS其他底物蛋白。对CHU1796序列比对发现,此蛋白与含有OmpA/MotB结构域的蛋白具有较高的序列相似性。而MotB结构域存在于鞭毛的鞭毛马达中。我们推测CHU1796与哈氏噬纤维菌的运动有关。通过基因敲除获得CHU1796的缺陷株△1796,对其进行一系列的表型验证,发现其在生长以及纤维素降解方面与野生型没有明显差异,但是在软琼脂和硬琼脂表面的菌落扩散能力以及在玻璃表面的个体滑动能力均出现了明显障碍。电镜结果显示CHU1796也不影响菌体在纤维上的排列方式。研究表明CHU1796是影响哈氏噬纤维菌在琼脂表面扩散运动和在玻璃表面的滑动的关键基因。对此基因参与哈氏噬纤维菌运动的机理研究将对阐明哈氏噬纤维菌的运动机制具有重要意义。
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