新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导和支持的农民医疗互助共济制度。传统合作医疗的解体,政府投入不足及卫生资源城乡分配不平衡,农村医疗保障状况令人堪忧及农民增收缓慢与医药价格上涨迅速之间的矛盾突出等问题,严重影响了农村经济的发展和稳定,因病致贫、因病返贫的现象在农村进一步突现。建立新型农村合作医疗制度,是新时期农村卫生工作的重要内容,是保障农民健康,统筹城乡和经济社会协调发展,全面建设小康社会的重要措施,对提高农民健康水平,促进农村经济发展,维护社会稳定具有重大意义,对于构筑健全完善的农村社会保障体系具有重要作用。新型农村合作医疗制度的实施也表明了政府在种种不平衡和矛盾面前,对农民医疗保障问题的重视和决心。重庆市新型农村合作医疗制度自2003年开展试点以来,在没有成熟经验和模式的情况下,取得了丰硕的成果。与此同时,由于缺乏经验等原因,在实践过程中也暴露出了一些具有普遍性的问题。与此同时,重庆市是一个具有特殊市情的直辖市,与京津沪相比,重庆市有着广大的农村,其农业人口占总人口的80%左右。因此,本文以重庆市为例,通过实地调查和理论分析相结合,采用理论应用和调查研究相结合的方法,通过研究该制度的政策保证与组织落实、管理与监督、基金筹集与管理、群众参与评价、定点医疗服务机构的管理、受益面与疾病风险分摊效果、医疗费用的控制、供需双方的满意度等,总结了新型农村合作医疗制度在当地试点实施过程中存在的问题和不足,如筹资水平低、补偿比例偏低、新型农村合作医疗补偿方案设计不合理、报销手续烦琐、农民对新型农村合作医疗信心不足、参合率低、参加新型农村合作医疗的贫困农民对新型农村合作医疗的利用率低、新型农村合作医疗资金筹集困难而且成本高及村级医疗服务能力低下,医疗行为不规范等问题,对重庆市新型农村合作医疗制度的发状况和存在问题进行了深刻的剖析,重点论述了明确政府的主导作用,进一步做实、做细试点工作;建立稳定的新型农村合作医疗筹资管理机制;提高保障水平;提高政策认识水平;加大对医疗服务行业的监管力度;协调规范地管理及加快医疗救济制度建设。以期为我国新型农村合作医疗制度的发展提供相关建议。