以智能手机、平板电脑为代表的移动终端技术的快速发展和普及大大改变了人们的生活。但现有移动终端的CPU处理能力和内存大小等方面性能与PC、服务器都还有很大的差距。本文针对无法携带笔记本电脑又需要移动办公的客户群提供了一套远程应用解决方案，使得移动终端可通过Linux应用代理服务器使用各种应用程序，而这些程序实际运行在多台远程的Windows应用服务器上。这样既充分利用了移动终端的便携性，又能克服其性能方面的不足。本文首先对比分析了现有的主流远程应用通信系统方案的优缺点，给出了基于PAAP协议的远程应用代理方案的系统框架，分析了该系统各个部分的功能需求。接着本文给出了PAAP协议的详细设计，设计了该协议的层次结构，针对guild层、authentication层、initiation层、refresh层、LS-WS层，分别进行字段设计、报文结构设计，分析了报文的交互过程以及在此过程中如何通过重传等机制确保通讯的准确和流畅，然后给出了该协议状态机的设计。Linux应用代理服务器作为移动终端和后台应用服务器连接的桥梁，第四章给出了其中的两个重要模块tsmanager及tsum的设计。对这两部分划分了各自的子模块来完成一系列功能，研究了子模块之间的交互，分析了应用代理服务器对应于移动终端各种操作的工作机制，给出了tsmanager模块中的子模块CHECK的设计与实现，然后设计了一种私有加密算法PE以确保认证过程中用户数据的安全性。接着本文给出了Windows后台应用服务器上的插件RemoteAppServer的设计，分析了各子模块的功能及其内部函数接口，研究了子模块间的调用关系和交互过程，分析了RemoteAppServer的子模块IME的工作过程，以及如何在其它子模块的协助下来完成这些工作，给出了IME模块的实现。论文的最后对本次研究成果进行了总结和展望。