股权结构与控制权配置一直是公司治理的核心。近些年,随着国家对于创新创业的大力推动,我国涌现出了一大批优秀的创新创业企业,并诞生了一大批优秀的企业创始人,在这些创始人的带领下这些企业为我国经济的发展和居民生活的改善起到了不可忽视的作用。但是这些企业在发展过程中引入了大量的外部资本,这些资本的加入一方面为企业的发展提供助力,另一方面导致了企业股权结构的变动,从而影响了企业控制权的配置。在此情况下,许多企业出现控制权争夺和创始人控制权丧失的情况。而国内外一批企业采用的双层股权结构,为这些创新创业企业提供了一个新的保护创始人控制权的方法。但是双层股权结构对于同股同权原则违背,也带来了新的控制权配置问题,因此企业是否应采用双层股权结构应充分考虑。为了研究双层股权结构下的控制权配置效率,本文首先对控制权、单层股权结构和双层股权结构的相关文献进行了描述和评论。然后,本文依据学者们的研究对控制权等概念进行了概念界定,并利用委托代理理论、不完全契约理论和资源基础理论对单层股权结构和双层股权结构控制权配置进行了分析。接着,本文选择京东集团作为本文案例,梳理其三个阶段的控制权配置模式及特点,并对三个阶段的财务效应进行分析,从中分析出双层股权结构的控制权配置成因及对公司治理的积极影响和其存在的不足之处,重点分析其存在的不足之处。然后,将京东集团的AB股模式与阿里巴巴集团的合伙人制度进行对比,并通过分析二者的差异,为AB股模式的改进提供借鉴。最后,依据前文的分析从不同角度对双层股权结构的完善提供建议。本文的研究意义在于相较于已有文献多从理论角度出发,本文从控制权配置视角出发结合了具体的案例实际,分析双层股权结构的价值和不足,并提出双层股权结构的委托代理问题的特殊性。结合我国双层股权结构逐渐兴起的实际情况,为我国企业采用双层股权结构提供了参考,为我国企业和政府完善双层股权结构制度提供了建议。