大麦是全世界排名第五的粮食作物，在全球各种环境条件下均广泛种植，其产品用于动物饲料、麦芽酿造及人类直接食用。此外，由于前人积累了大麦丰富的遗传信息资源，大麦被认为是禾本科的模式物种，大麦正成为小麦遗传育种研究的参考和重要的基因来源。微小RNA（miRNAs）是一类在转录后水平调控各种生物代谢过程的内源性RNA，参与生物的生长发育和各种代谢活动，并参与植物对外界环境胁迫的应答和病害防御。在过去数年间，许多主要农作物的miRNA都被鉴定出来。然而，大麦的miRNA的信息却非常有限。在本研究中，我们选用栽培麦芽大麦品种Clipper，提取其不同发育阶段根、茎、叶、穗等组织的总RNA，分离构建小RNA文库，采用第二代测序技术，即Solexa测序技术获得大麦的sRNA的序列数据库，通过生物信息学技术系统地鉴定大麦保守的miRNA以及特异的miRNA，并对结果进行了验证，取得主要结果如下：（1）通过测序得到10,495,264个高质量的sRNA读数，其中大于18nt的共有4,045,224条sRNA，共9,540,562个读数，经过比对基因组，这其中包含核糖体RN（ArRNA）有83,300条序列，1,006,189读数，占到sRNA总数的10.55%；重复序列（repeat）23,642条序列，共90,970读数，占sRNA总数的0.95%；小核RNA（small nuclear RNA，snRNA）3,020条序列，15,180读数，占到sRNA的0.16%；核仁小RNA（small Nucleolus RNA，snoRNA）1,872条序列，6,711个读数，占总数的0.07%；转运RNA（transfer ribonucleicacid，tRNA）16,957条序列，共1,154,444读数，占12.10%；未注释（unannatation）的sRNA3,916,433条序列，7,267,068读数，占到总数的76.17%。（2）对未注释的3,914,563条sRNA，比对miRBase18.0中4742条植物miRNA，有3282条序列比对上211个miRNA，隶属于88个家族，共543,016个读数；其中126个miRNA，隶属于58个家族，共323,131个读数，则是我们首次报道。（3）运用华大基因公司（BGI）开发的Mireap软件对所有的大麦基因组序列和非编码表达序列标签（non coding EST）等的二级结构进行比对分析，依据Dicer酶切位点，最小自由能等参数和错配数目等标准，我们鉴定出133个大麦新的miRNA，隶属于50个家族，此外，我们还发现15个miRNA*。（4）茎环qRT-PCR技术被用来验证克隆和生物信息分析结果，无论保守的还是大麦特异的6个miRNA都有不同水平的表达；3个保守的miRNA的表达水平ΔCT值为-0.2，远远高于3个特异miRNA的ΔCT值（4.8）。这一结果与高通量分析的结果一致，证明了分析结果的准确性。（5）使用psRNATarget工具对鉴定出的miRNA的靶基因位点进行预测，获得29个miRNA的靶基因，包括GAMyb，核转录等转录因子，参与丝氨酸/苏氨酸激酶蛋白质合成的酶类，抗病相关蛋白10，抗性蛋白调控相关基因，淀粉分支酶（SBE）和种子软化蛋白等也被预测到是miRNA的作用目标。综上，本研究工作首次系统的分析了大麦小RNA，揭示了所有的344个miRNAs，这些结果显著增加了大麦的miRNA数据库的数量。将有助于揭示miRNA在大麦基因表达调控的机制，为大麦以及小麦的遗传改良提供理论依据。