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鉴于粉花石斛在药用时存在许多同属相似种，本论文运用扩增阻碍突变系统(ARMS)技术对粉花石斛及其同属相似种进行了分子鉴别，并初步进行了粉花石斛SSR标记的开发。研究结果总结如下：
运用Clustal X 1.8、MEGA 3.1等软件对粉花石斛及其相似种的rDNA ITS序列进行比对分析。据粉花石斛的两个特异性位点，运用DNAMAN软件根据引物设计原则设计了1对位点特异性鉴别引物(AS-PCR)。在AS-PCR引物的基础上，从引物3端的第2个位点至第6个位点引物的核酸序列分别进行突变，突变方法采用突变位点用A和C互换，G和T互换。(T/A碱基对被T/C碱基对替换，C/G碱基对被C/T碱基对替换)，设计出5对ARMS鉴别引物。鉴别结果表明：运用位点特异性鉴别引物(FJB-01-forward和FJB-01-reverse)对粉花石斛进行鉴别时，退火温度低于64℃时，实验结果不稳定。只有当退火温度在64℃至65℃时，位点特异性鉴别引物才能稳定地对粉花石斛进行鉴别。而在用5对ARMS引物进行鉴别时，发现只有2对引物(FJB-04-forward，FJB-04-reverse)和(FJB-03-forward，FJB-03-reverse)能够稳定、高效地进行粉花石斛鉴别。其中，一对引物(FJB-04-forward，FJB-04-reverse) 能在48℃至62℃比较宽的退火温度范围内进行鉴别。另一对引物(FJB-03-forward，FJB-03-reverse)也能在49℃至55。C的温度范围内对粉花石斛进行鉴别，而其它3对ARMS引物对粉花石斛的鉴别效果不佳。
粉花石斛微卫星(SSR)标记的开发采用的是磁珠富集法，具体的开发流程是：首先使用QIAGEN法提取到完整的粉花石斛总基因组DNA；随后进行酶切，琼脂糖凝胶检测，选取200-900 bp条带进行切胶，纯化：根据酶切位点设计接头，加接头进行连接，根据接头的序列设计引物对纯化产物进行PCR扩增，产物纯化后用含(AC)8和(AC)15的两种探针进行杂交，将磁珠富集杂交的片段用2×SSC，0.1％SDS和1xSSC，0.1％SDS分别清洗3次，得到富含微卫星的序列。经PCR扩增、纯化、克隆及菌落PCR检测后，选取琼脂糖凝胶电泳上能在200-900bp范围内扩增出条带的菌液送公司测序，最终测出富含微卫星的序列。本实验共成功筛选出9条富含微卫星的序列，每条序列中的微卫星重复单元均超过7次，重复序列分别为AG单元、TG单元、AC单元、CA单元、GT单元、TC单元和GA单元。在此基础上设计的9对粉花石斛SSR引物，将为今后进一步分析粉花石斛的遗传多样性和遗传结构、寻找粉花石斛道地性药材等方面的研究奠定基础。