肉孢子虫（Sarcocystis）是有兽医学和公共卫生学意义的胞内寄生原虫。线粒体存在于绝大多数真核细胞,其拥有独立于核基因的基因组,被称为线粒体基因组（mitochondrial genome）。目前,线粒体基因组已成为研究生物系统发生关系的常用遗传标记。迄今还没有文章报道肉孢子虫的线粒体基因组的组成和结构。本文采用长片段PCR等方法对犬肉孢子虫（Sarcocystis caninum）、左氏肉孢子虫（S.zuoi）、?肉孢子虫（S.clethrionomyelaphis）、绒鼠肉孢子虫（S.eothenomysi）、西姆里肉孢子虫（S.cymruensis）和温氏肉孢子虫（S.wenzeli）的线粒体基因组进行了扩增、测序和分析,结果如下:（1）犬肉孢子虫的部分线粒体基因组序列大小为3403 bp,包含2种编码基因（COX1和CYTB基因）和5种核糖体RNA亚基基因（LSUF、LSUG、SSUE、SSUB和LSUA）,线粒体COX1基因位于CYTB基因上游,两者转录方向一致;此外,还扩增得到犬肉孢子虫完整线粒体COX3基因序列,但其在线粒体基因组中的具体位置尚不确定。线粒体COX1、CYTB、COX3基因全长分别为1434 bp、1080 bp和720 bp,线粒体COX1基因以TCC为起始密码子,线粒体CYTB和COX3基因以ATG为起始密码子,3个编码基因终止密码子均为TAA。（2）左氏肉孢子虫的部分线粒体基因组序列大小为3325 bp,包含2种编码基因（COX1和CYTB基因）和3种核糖体RNA亚基基因（SSUF、LSUD和LSUE）,线粒体COX1基因位于CYTB基因上游,两者转录方向相同。全长线粒体COX1和CYTB基因的长度、起始密码子和终止密码子分别与犬肉孢子虫相同。（3）?肉孢子虫的2条部分线粒体基因组序列大小分别为2790 bp（SEQ RZ-1）和4349 bp（SEQ RZ-3）。SEQ RZ-1包含2种编码基因（COX1和CYTB基因）,线粒体COX1基因位于CYTB基因上游,两者转录方向一致;SEQ RZ-3包含线粒体COX1、COX3和CYTB基因全长,基因顺序为COX3-CYTB-COX1,3个编码基因转录方向一致。在SEQ RZ-1和SEQ RZ-3中都未鉴定出核糖体RNA亚基基因。?肉孢子虫全长COX1和CYTB基因长度、起始和终止密码子分别与犬肉孢子虫相同;全长线粒体COX3基因长度为741 bp,起始和终止密码子分别为TTA和TAA。（4）绒鼠肉孢子虫和西姆里肉孢子虫的部分线粒体基因组序列大小分别为3058 bp和2549 bp。两者都含2种编码基因（COX1和CYTB基因）和2种核糖体RNA亚基基因（SSUB、和SSUE）,线粒体COX1基因位于CYTB基因上游,两者转录方向一致。（5）温氏肉孢子虫的部分线粒体基因组大小为3752 bp,含2种编码基因（COX1和CYTB基因）和7种核糖体RNA亚基基因（LSUE、LSUD、SSU9、SSU8、LSU7、LSU15和SSUB）,线粒体COX1基因位于CYTB基因上游,两者转录方向一致。基于序列比对分析表明线粒体基因组中蛋白编码基因（CYTB、COX1和COX3基因）的组合排列在不同肉孢子虫中相对保守,编码基因侧翼序列的大小和基因组成均存在较大的种间差异性。基于线粒体COX1、COX3和CYTB基因的序列比对分析和分子系统进化分析表明3个编码基因都具有作为肉孢子虫物种鉴定和系统发育分析的分子标记基因的能力,线粒体COX3基因相比COX1和CYTB基因具有更大的种间区分度。