经院辩证法的两大基本原则就是“理信无碍”和“形式类比”,经院哲学中理性和信仰的融合,经院学术对神学研究的推进和创新,正是通过这两大原则的运用而展开并实现的。经院辩证法的两大原则贯穿了其产生、发展和衰落的全过程。波爱修(Anicius Manlius Severinus Boethius)首次把逻辑学引入神学,爱留根纳(Johannes Scotus Eriugena)第一次把辩证法带进神学,经院辩证法由此产生。大学的建立、亚里士多德著作的翻译以及关于共相问题的争论,极大地促进了经院辩证法的发展。而“77禁令”、订正派与反订正派的争论使得经院哲学内部分裂,近代自然科学的兴起和文艺复兴又要求新的方法论,经院辩证法最终走向了衰落。经院辩证法之所以既区别于古希腊辩证法,又区别于近代辩证法,在于以“理信无碍”为原则,使得理性神圣化、信仰理性化,最终达到二者的圆融。经院辩证法遵循该原则,主要体现在以辩证推理为神学研究的主要方法,同时以信仰作为经院研究的内在动力。这样,既避免了信仰的盲目性,又避免了理性的任意性,使得理性和信仰和谐统一、相互兼容。发现新事物和新知识,从已知到未知,从抽象到具体,均以“形式类比”为桥梁。经院辩证法正遵循着“形式类比”原则,打通了人法和神法、人间和天国,此岸和彼岸的鸿沟,使得个人生存同理性思维和神圣信仰紧密相连。“形式类比”让万物都处于同一个层面,通过同异对比之途径,使其多样性和复杂性得以被认识。通过类比推理,经院辩证法得以从人法超越到神法,从地上人间跨越到天堂神国,建立了经院哲学特有的辩证神学。经院辩证法作为中世纪哲学的方法论,具有重要的逻辑学价值。它不仅继承了古希腊辩证法中的辩证推理,同时独创了以“指代”和“指称”为中心的词项逻辑,还创立了以辩难推理为核心要素的经院研究。