21世纪以来,随着经济全球化、一体化进程的加快,可持续发展观的实施,科学技术高速发展促进了世界经济的大发展。一个国家、地区间的经济竞争逐步演变为区域间的经济竞争。区域创新系统和高新技术产业集群是区域经济发展获取竞争优势的两个重要因素。高新技术产业集群独有的组织模式和管理方法为促进高科技成果产业化提供了良好的环境,它已成为生产要素活跃、技术创新显著、人才效应突出的区域经济发展较具潜力的增长点。因此,研究区域创新系统和高新技术产业集群互动关系已成为理论界和企业界共同关注的热点问题。本文的研究旨在揭示区域创新系统与高新技术产业集群间的相互关系、作用过程和效应,更好地配置系统资源使二者协同发展,达到区域经济与高新技术产业集群共同发展,以促进国民经济持续、健康、协调发展。论文以区域经济理论、高新技术理论、技术创新理论和产业集群理论等相关理论为指导,从研究区域创新系统和高新技术产业集群的内涵、特征入手,以区域创新系统和高新技术产业集群二者间的关系为出发点,以两者间的互动关系为主线,以两者间的作用机制和协同机制为核心,以互动机制评价为保障,深入系统地研究了区域创新系统与高新技术产业集群的互动机制。论文在研究和吸取最新研究成果的基础上,分析了区域创新系统和高新技术产业集群各自的涵义、功能和运行机制,构建了基于高新技术产业集群的区域创新系统框架结构,高新技术产业集群作为区域创新系统实现创新的重要载体,同时也是区域创新系统提高创新绩效的有效途径;而区域创新系统通过对区域创新资源的整合能力为高新技术产业集群实现创新提供外部支持。在此基础上,构建了区域创新系统与高新技术产业集群互动机制研究的整体框架。本文剖析了高新技术产业集群对区域创新系统的作用机制,从理论视角分析了该作用机制形成的原因,并从结构要素视角揭示了该作用机制形成的运行过程。在此基础上,以协整理论为基础,借助国家高新区的数据,构建高新技术产业集群对区域创新系统创新产出贡献率的测度模型及误差修正模型,阐明了两者之间的协整关系;并通过格兰杰因果分析,进一步验证了高新技术产业集群与区域创新系统创新产出之间的因果关系。论文从区域创新系统的社会资本、区域经济及影响区域经济的其它因素等角度分析区域创新系统对高新技术产业集群的作用机制;借助耗散结构理论建立区域创新系统与高新技术产业集群的互动演化的布鲁塞尔模型,进一步分析了两者之间的互动关系。论文深入剖析了区域创新系统与高新技术产业集群协同机制,建立两者间的协同发展模式,借助协同理论,构建了区域创新系统与高新技术产业集群的“五流联动”模型,并利用序参量描述了两者间的有序关联及协同机理。从政策协同、金融协同、技术协同和制度协同等方面分析了促进两者协同发展的途径。论文构建了区域创新系统与高新技术产业集群互动机制综合评价体系,设计了两者间互动机制运行绩效的评价指标体系,建立了基于模糊积分法的互动机制运行绩效的综合评价模型,对区域创新系统与高新技术产业集群互动机制的运行绩效进行了实证分析。论文最后从宏观调控和微观基础建设两方面提出了促进我国区域创新系统与高新技术产业集群互动发展的对策措施。