随着我国的科技进步与发展，自主创新的重要性已经越来越明显，如果没有自主创新，一国就会轻易地丧失其核心竞争力，为此我国把自主创新纳入“十一五”规划中，在全国范围内构建区域创新体系。而自主创新离不开资金的支持，在自主创新资金使用系统中，对其效率的评价无疑对我国区域自主创新建设起到了导向作用，也关系到国家自主创新布局的全局，因此，研究自主创新资金的使用效率非常必要。 本文正是基于这样的现实需要，对我国各地区自主创新资金使用的相对效率进行理论和实证的分析。在理论方面，本文提出自主创新资金使用系统的概念，通过对主流效率评价模型的对比，选择数据包络分析(DEA)方法作为衡量该系统效率的实证模型，并论述影响其效率的主要因素和其他影响因素。在实证方面，本文从特征分析和变动分析两个角度对我国31个省份自主创新资金使用效率进行衡量，先测评出单一年份（2006年）的DEA效率，再用同样的方法测评出上一年度（2005年）的DEA效率，与之前形成对比。特征分析结果表明，我国大多数省份自主创新资金使用效率不高但创新规模在扩张，且直接与其资金投入的配置密切相关，资金投入配置越趋于优化，其DEA效率就越高；变动分析结果表明，在自主创新资金投入结构中，如果保持最优的配置，那么自主创新资金使用的DEA效率也基本保持不变；如果从非最优的配置向最优配置方向转变，那么必然会促进其DEA效率的提高；反之，其DEA效率在多数情况下会降低。 本文在丰富理论和实证对比分析两方面都做了积极的具有创新意义的探索。根据本文分析得出结论，只有根据各省份的工业化、经济发展水平和地域特征优化配置R&D经费投入结构，才能有效提高其DEA效率。最后，本文提出了具有针对性的政策建议。