近年来,我国在大力发展经济的同时也将大量的财政资金投入到日常基础设施建设中去,比如工程项目建设。但是工程项目建设往往建设周期较长,投入金额较大、风险因素较多,如果不对其进行严加管控,那么就会造成财政资金的腐败现象,同时“豆腐渣”工程随处可见,对人民群众的生活和生命都造成了极大的危险,如何高效使用工程项目资金成为亟需解决的问题。本文以Y农科院为例,基于控制论等理论基础,对Y农科院内部控制建设现状进行详细分析,对其工程管理内部控制有效性进行评价,进一步探索了如何完善行政事业单位工程管理内部控制体系。首先,结合Y农科院实际情况,确定工程管理内部控制影响指标,构建内部控制评价模型,运用层次分析法原理计算各指标权重,利用模糊综合评价法获得各级指标评分,得到评价数据;其次,依据评分数据,在Y农科院发放问卷调查,并在与工程项目经手人员的沟通的基础上,分析汇总存在问题,剖析问题成因;最后,针对问题提出相应的优化措施和建议,希望可以在完善工程管理内部控制理论和行政事业单位内部控制建设上进绵薄之力。本文在案例分析的基础上,运用评价方法对工程管理内部控制影响指标量化分析,综合得出Y农科院工程管理内部控制建设已初步建立,但是还是存在许多的漏洞,仍需对工程建设每一个流程不断完善。对于工程管理内部控制而言,每一个建设细节都需要严肃对待,上至管理制度、组织架构,下至合同签订、资金支付等,本文通过构建流程图的方式,立足于单位实际情况,细化控制步骤,把控关键环节,加强工程管理人才队伍的建设,同时将工程管理内部控制建设过程纳入到常态化管理中去,建立长效机制,从而更好的防范内部控制风险。