结直肠癌肝转移差异表达基因的生信分析

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背景:结直肠癌(CRC)是全世界常见的恶性肿瘤,肝转移是这种癌症的主要致死原因之一。目前,CRC肝转移的差异表达基因(DEGs)还不清楚,其分子机制还有待阐明。目的:通过对CRC肝转移灶对比原发灶的差异表达基因(DEGs)进行生物信息学分析,初步探索DEGs在CRC肝转移中的作用。方法:选择GEO数据库中的GSE41258数据集,通过GEO2R平台筛选CRC肝转移病灶相对于原发病灶的DEGs。借助FunRich软件对DEGs进行GO分析和KEGG分析,利用STRING网站构建PPI网络,并用Cytoscape软件对网络进行可视化,筛选Hub基因。此外,我们还通过GSEA软件对两组病灶中所有基因进行功能集富集分析(GSEA)。最后,利用基因表达谱数据动态分析(GEPIA)网站分析Hub基因对CRC预后的影响。结果:CRC肝转移灶相对于原发病灶共有263个DEGs。GO分析结果:DEGs富集到的Top 6细胞学组件(CC):细胞外空间、乳糜微粒、极低密度脂蛋白颗粒、外泌体、细胞外基质、血小板α颗粒;富集到的Top 6分子功能(MF):蛋白酶抑制剂活性、补体活性、转运蛋白活性、细胞外基质的结构组成、趋化因子活性、多糖连接;富集到的Top 6生物学过程(BP):免疫应答、能量途径、蛋白质代谢、维持细胞生长、转运蛋白、补体激活。KEGG分析显示:DEGs富集到的Top 6生物途径有:上皮间质转化、纤维蛋白凝块的形成、胰岛素样生长因子结合蛋白对胰岛素样生长因子活性的调节、FOXA转录因子网络、止血、脂质的消化/动员/转运。GSEA分析结果显示富集到的Top 6的功能集:负向调节受体介导的内吞、调节Rab鸟嘌呤核苷酸交换因子活性、连接离子型谷氨酸受体、调节侧枝发芽、肌动蛋白的聚合及解聚、谷氨酸盐的分泌。构建PPI网络,筛选Top 10 Hub基因有:ALB、APOB、F2、APOA1、FGA、SERPINC1、FGG、KNG1、AHSG、SERPINA1。对Hub基因进行生存分析,其中高表达ALB及低表达SERPINA的CRC患者无病生存期(DFS)明显缩短。结论:CRC肝转移灶和原发病灶之间存在263个DEGs。Top 10 Hub基因为ALB、APOB、F2、APOA1、FGA、SERPINC1、FGG、KNG1、AHSG和SERPINA1。其中,ALB及SERPINA1与CRC的DFS关系最为密切,有望成为CRC肝转移筛查、治疗与预后评估的标志物,值得进一步实验验证。
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