随着市场经济高速发展,农业科研事业单位资金来源和科研任务越来越多元化,过去的预算管理体制难以适应新形势的要求。这需要农业科研事业单位有一套完整科学的财务预算管理方案,规范其资金来源和支出方式,有效配置其在经济活动中的各种资源,合理利用和筹集资金,使农业科研事业单位可以良好地运行。通过对农业科学院预算管理进行绩效评价,有利于规范其预算管理流程,使农业科研事业单位合理使用资金,提高资金的使用效益。本文通过分析新疆农业科学院预算管理的现状,运用案例分析法、层次分析法等方法建立绩效评价指标体系,对新疆农业科学院的预算管理情况进行绩效评价。本文共选取19个指标进行分析,目标层指标1个,准则层指标4个,指标层指标14个。运用层次分析法,结合专家调查意见确定各指标的权重,给出各指标的具体评分方法与标准。依据本文建立的预算管理绩效评价指标体系,对2015年新疆农科院预算管理情况进行评价,并对评价结果进行分析。从整体上看,2015年度新疆农业科学院在预算编制、执行、管控及决算工作中,绩效评价总体情况一般,仍存在需要改进的地方。绩效评价结果反映出预算编制问题较大,主要是由于预算调整数过大造成的。结合新疆农业科学院预算管理绩效评价情况,从基本预算和项目预算两大方面提出改善措施,以提高预算资金的使用效率,提升新疆农业科学院的财务管理水平。