中国是一个地广人多的国家,且民族众多,区域问题历史以来一直是中国社会发展中重要的突出问题之一。区域是一个具有自身特质的地理单元,区域问题已经成为影响人类经济发展和社会变迁的载体,对区域问题的关注是任何国家发展战略不可回避的,国家的发展也必然要突破这一瓶颈。关于区域的研究主要涉及两大问题:一是区域内的发展问题；一是区际间协调问题。从研究的方法论上,这两大问题的解决必然涵盖管理学、经济学、行政学和政治学等社会科学的多方面。市场和政府是资源配置的两种主要方式,区域问题的解决也最终要落实到这两种机制上。自从凯恩斯主义以来,规避市场的盲目性使国家对经济的行政干预已成为经济发展的极为重要手段和资源配置的重要方式。本论文认为传统的公共管理理论或公共行政理论未能把区域这一重要的变量纳入到其主流的分析框架中。同时,在方法论上缺乏必要的微观基础,这使得公共管理理论或行政理论在应用研究上存在体系上的缺陷。本论文旨在把对区域问题的研究纳入到公共行政的分析框架中,并把集体理性作为行政的微观基础,把“合作”作为基本的分析单元,在方法论上进行了一种多学科的交叉研究。　　 本论文主要是从政府行政合作的角度来探讨区际间的协调问题,力图以拓展的集体理性为框架从一个全新的角度来探讨区域的发展问题。本论文认为区域发展的均衡只是一种相对的暂时稳态,区域的非均衡发展才是发展的真正实质所在,区域问题的研究必然要正视区域的非均衡演进。区域差异是一个无法回避的问题,而区域差距却是可以缩小的,区域行政合作是破解区域差距的重要手段之一。本论文共分五部分:绪论部分主要是从概念和方法论意义上对区域问题和公共行政理论进行新的诠释,提出了区域行政合作的三个基本问题。本论文认为区域行政合作问题应被纳入到现代公共管理研究的分析框架中去,并把“合作”作为区域行政问题的基本分析单元；第二部分是“区域行政合作非均衡问题研究的理论框架”的建立,本论文对理性和集体理性问题进行了新的探讨,并值此建立了一个新的集体理性框架；第三部分是对“区域行政合作的缘起与演进机理研究”,该部分分析了有关国内外区域差距、区域协调和区域行政问题的研究,对中国区域行政合作的历史沿革及脆弱性进行了深入考察:第四部分是“区域行政合作的模型建构与拓展”。这一部分提出两个重要的理论:一个是区域发展的缺口理论,另一个则是建立地方政府的晋升理论,通过这两个理论的结合来研究区域行政合作的非均衡演进问题,并对区域行政合作的阻滞进行消解,旨在从一个新的角度来破解区域发展的差距问题；第五部分选取长三角区域行政合作经验作为实证研究,为中国的其他各区域提供可供参考的经验和模式；第六部分则主要是有关未来区域行政合作问题研究的一些新动向,并提出了今后进一步研究的新展望。