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本研究在形态学调查的基础上利用RAPD分子标记技术对18个树莓栽培品种和西充与雅安8个插田泡（R．coreanus）类型进行了遗传差异分析。主要结果如下：1．通过对比SDS法、CTAB法和核DNA法获得到的DNA分析后认为，核DNA法是提取树莓基因组总DNA的最适方法。核DNA法的DNA得率和纯度较高，颜色洁白，完全能够满足RAPD扩增要求。2．通过优化反应体系，建立了树莓RAPD技术最佳反应体系。即25μL反应体系中含模板DNA20ng，1×buffer，Mg2+2.0mmol·L-1，引物为0.6μmol·L-1，dNTPs0.24mmol·L-1，TaqDNA聚合酶1.5U。反应程序为：94℃预变性4min；94℃1min，36℃退火1min，72℃延伸2min，45个循环；完成最后一个循环后，在72℃下继续延伸10min，然后在4℃保温。最后用1.5％的琼脂糖凝胶电泳检测其扩增产物。3．从85个随机引物中筛选出20个多态性强、稳定性好、重复性高的随机引物，用于26个树莓品种和类型的RAPD分析。扩增DNA片段长度在200-4000bp之间，多集中于400-2000bp之间。扩增DNA谱带总数251条，多态性谱带235，占总数的93.6％。得到了20个引物对26份树莓材料清晰的指纹图谱，能够充分鉴定树莓品种和类型。4．依据RAPD标记数据，计算出26份树莓材料的遗传距离，并以此将供试材料划分为4类。UPGMA聚类分析显示与形态学上树莓种群、黑莓种群的分类结果基本一致。种群内亚组的划分体现出一定的地理差异，并与果实颜色以及植株的繁殖特性有关。5．在树莓属植物上，RAPD的稳定性和可重复性得到了进一步的证实，因此对树莓系统发育的分析可扩大RAPD扩增引物量和样本量，以更多的多态位点对更多群体进行系统分析，从而验证并修订已有的形态学性状经典分类，也为新种的鉴定增添了一种重要的手段。