我国证券投资者保护基金是证券投资者保护体系的重要组成部分。它重在事后补偿,但不乏事前防范性。从赔付机制和资金的运作的角度看,它兼备券商保险性和信托财产性。我国证券投资者保护基金的基本宗旨是树立投资者信心,维护证券市场稳定大局。它基本功能在于基金的筹集、管理和使用,由此才能保障其他具体功能如赔付功能、风险监控与处置的实现。未来保护基金还应具备维权代理功能和教育功能。保护基金资金来源是最基本的问题。解决本源问题,目前我国保护基金制度还缺乏统一、细化的缴费标准体系,建议利用经营管理、风险控制、资产负债状况等指标进行综合评估,确定不同证券公司的风险级别,由此形成有管科学的浮动会率征收体系。就保护基金规模而言,其上下限应该随着市场状况的变化进行适当调节。目前亟需改善保护基金资金来源的比例结构,具体包括降低央行再贷款和认购发行冻结资金利息所占的比重,提高会费和投资管理获益的比例。最后,我国保护基金还可向券商之外的潜在侵害主体收取费用,向央行专项再贷款等渠道扩大资金供给。我国保护基金赔偿制度具有“过渡性”,缺乏系统性和可操作性。应当按层次进行赔偿,放宽保护基金的赔偿条件,明确赔偿对象,扩大赔偿所涉及的投资工具。关于完善赔偿限额,建议在认定非法投资不予以保护前提下,以个人中小投资者平均投资额度为限,划定全额赔偿和比例赔偿的界限。在赔偿程序方面,应该尽量减少行政主体过多的参与,增强赔偿机构的独立性、专业性、稳定性,赋予保护基金在赔偿过程中的更多实权。同时增强赔偿程序的透明度,加强对赔偿程序的监督。对赔偿过程中的争议处理机制应主要规定协商和仲裁的方式。我国证券投资者保护基金在外部监督和内部监管上具有行政性和计划性。应该改变多头监督格局,实行证监会一元化监督模式,同时强化证券市场自律组织监管。更重要的是,构建与保护基金性质和功能相匹配的公司组织体系和决策体系。