论文部分内容阅读
目的:本研究通过二代测序技术对72例晚期非小细胞肺癌（NSCLC）进行全基因检测,探讨常见的驱动基因突变表型特点及其共突变基因情况,分析常见驱动基因突变与其临床病理特征之间的关系,评价组织和血浆配对样本肺癌相关基因突变的一致性。方法:（1）回顾性分析入组的72例NSCLC患者的全基因检测结果,包括;肺癌相关的各基因的突变频率及突变类型;常见驱动基因突变位点、突变类型及其共突变基因情况等。（2）分析常见基因突变与其临床病理特征的关系,临床参数包括:性别,年龄,病理类型,吸烟史,临床分期,家族史和肿瘤原发部位等;（3）筛选其中同时行血浆和组织样本进行基因检测的患者,探讨不同样本来源的基因突变的一致性。结果:1.在入组的72例患者中,各基因突变个数及所占比例为:以TP53基因突变频率最高,共36例,占50%（36/72）;其次为30例检测到EGFR基因突变,占41.67%（30/72）;14例检测到KRAS基因突变,占19.44%（14/72）;12例检测到RB1基因突变,占16.67%;8例检测到STK11基因突变,占11.11%（8/72）;7例检测到KEAP1基因突变,占9.72%;6例检测到MDM2、SMARCA4基因突变,占8.33%（6/72）;FAT1、NF1、NTRK1、PKHD1、ROS1、CDK4突变各检测到5例患者,占6.94%（5/72）;SETD2、EPHA3、ALK、APC、BRCA、CCNE1、DLL3、EXT1基因突变各检测到4例患者,占5.56%（4/72）。各基因突变中,TP53、EGFR、KRAS、RB1、STK11基因为常见的突变基因且突变比例大于10%,分别占50%、39.47%、19.44%、16.67%和11.11%。其中,TP53、RB1、STK11基因为常见的抑癌基因;EGFR、KRAS基因为常见的驱动基因突变。30例EGFR突变患者中,其中单纯性突变23例,占76.67%（23/30）,复合型突变7例,占23.33%（7/30）。各外显子突变个数所占比例为:18外显子突变2例,占6.67%;19外显子突变10例,占33.33%;20外显子突变4例,占13.33%;21外显子突变16例,占53.33%。EGFR基因共突变情况,共突变的中位数为3（范围0～8）。常见的共突变基因为:TP53占50%（15/30）,RB1占16.67%（5/30）,GRIN2A、NF1、SETD、TEK和CTNNB1各占6.67%（2/30）;常见的伴随基因扩增是:CDK4占13.33%（4/30）、MDM2占13.33%（4/30）、MYC占6.67%（2/30）和NKX2-1占6.67%（2/30）。14例KRAS突变患者中,未发现复合型突变,均为单纯性突变,突变类型均为错义突变。其中p.G12C突变5例,占35.71%（5/14）;p.G12D突变4例,占28.57%（4/14）;p.G12V突变2例,占14.29%（2/14）;p.G12S、p.G12A、p.G13D错义突变1例,各占7.14%（1/14）。KRAS基因共突变情况,共突变的中位数为4.5（范围1-18）。常见的共突变基因为:TP53基因占35.71%（5/14）,STK11基因占28.57%（4/14）,RB1基因、APC基因、KEAP1基因各占21.43%（3/14）,FGF19、NFE2L2、RNF43、SMARCA4、TERT、CDH1和ERBB4基因各占14.29%（2/14）。2.常见突变基因与临床病理特征的关系TP53突变与性别、有无吸烟史、病理类型具有相关性（P<0.05）,表现为好发于男性、有吸烟史、非腺癌患者中,而与年龄、有无肿瘤家族史、TNM分期、肿瘤原发部位均无相关性（P>0.05）。EGFR突变与性别、有无吸烟史、病理类型具有相关性（P<0.05）,表现为好发于女性、无吸烟史、腺癌患者中,而与年龄、有无肿瘤家族史、TNM分期、肿瘤原发部位均无相关性（P>0.05）。KRAS突变与性别、年龄、有无吸烟史、病理类型、有无肿瘤家族史、TNM分期、肿瘤原发部位均无相关性（P>0.05）。ALK、BRAF、ROS1、MET、RET、HER2基因突变与年龄、性别、吸烟史、有无肿瘤家族史、病理类型、TNM分期、肿瘤原发部位等方面均未见明显的相关性（P>0.05）。3.不同标本来源的NSCLC常见突变基因一致性评价比较TP53、EGFR、KRAS基因突变频率在组织和血浆中的差异。TP53基因在血浆标本中的突变率为37.68%（26/69）,组织TP53基因突变率为59.52%（25/42）,两者之间的差异具有统计学意义（X2=5.015、P=0.025）;EGFR基因在血浆标本中的突变率为39.13%（27/69）,组织EGFR基因突变率为42.86%（18/42）,两者之间无统计学差异（X2=0.150、P=0.698）;KRAS基因在血浆标本中的突变率为20.29%（14/69）,组织KRAS基因突变率为21.43%（9/42）,两者之间无统计学差异（X2=0.021、P=0.886）。在配对的组织和血浆标本检测中,TP53基因突变（Kappa=0.660）、EGFR基因突变（Kappa=0.701）和KRAS基因突变（Kappa=0.925）均具有一致性。结论:1.在非小细胞肺癌中,基于全基因谱分析,孤立的EGFR、KRAS基因突变发生率极低,其中,EGFR基因突变多伴随TP53、RB1基因突变;KRAS基因突变多伴随TP53、STK11基因突变。TP53、RB1、STK11均为常见的抑癌基因。2.TP53基因突变多发生于男性、有吸烟史、非腺癌患者中;EGFR基因突变多发生于女性、不吸烟、腺癌患者中。3.在组织和血浆配对样本中,TP53、EGFR、KRAS基因突变具有较好的一致性。