水污染规制之行政合作是指不同行政主体为了提高效率以合作的方式对水污染进行规制。水污染规制是政府根据一定的规则对水污染的矫治,其实质是行政权力对私主体行为的干预或调控。由于水污染问题涉及多个部门乃至不同地区,单一行政主体在进行水污染规制时往往力不从心,为此需要进行行政合作。行政合作是两个乃至多个行政主体对行政权力的行使,是“公与公”的合作。水污染规制之行政合作既有实践基础,也有理论支撑。水污染规制之行政合作是行政主体的一种“交易”,制度决定了交易成本的大小,决定了行政合作的“绩效”。然而,我国水污染规制之行政合作却存在着大量的制度障碍,包括正式规则、非正式规则以及他们的实施。进行水污染规制之行政合作首先确立流域综合管理的理念,并以此为背景,理顺当前水污染管理体制,选择恰当的合作模式。在合作模式中,较为核心的是流域管理机构的模式。行政协议是水污染规制之行政合作的重要工具,然而,当下行政协议的法治化程度不高,这和行政协议本身不完善有十分密切的关系。完善行政协议至少应当从内容、效力、履行模式、责任机制和争端解决几个方面入手。进行水污染规制之行政合作要依赖制度建设,落实于通过制度实施而形成的具体机制之中。合作规划机制、联合监测机制、联合执法机制、生态补偿机制和信息共享机制是当前亟待建立的几种合作机制,这几种机制实则是制度化或法治化的规制行为合作。