十六世纪藏传佛教格鲁派传入蒙古地区,到十七世纪中叶,广泛传播于蒙古地区,并开始形成活佛转世系统。哲布尊丹巴呼图克图是喀尔喀蒙古最大的活佛转世系统,是与达赖喇嘛,班禅额尔德尼,章嘉呼图克图并列的清代藏传佛教格鲁派四大转世活佛系统之一。明末清初,喀尔喀土谢图汗部势力逐渐强大,第一、二世哲布尊丹巴转世于喀尔喀土谢图汗家族后,土谢汗家族执掌政教权力,在喀尔喀的影响举足轻重。喀尔喀四部汗和王公都希望哲布尊丹巴转世于其家,为转世之事互相争夺,形成隐患。清朝乾隆皇帝命哲布尊丹巴呼图克图转世于西藏,由达赖喇嘛、班禅额尔德尼及喇嘛吹忠等选其转世灵童,以避免喀尔喀内部纷争,自第三世哲布尊丹巴开始转世西藏（第三世转世灵童是由西藏的达赖喇嘛、班禅会同吹忠喇嘛选取的,转生于四川理塘）。乾隆五十八年（1793年）清朝制定《钦定藏内善后章程二十九条》,规定在西藏达赖喇嘛、班禅,喀尔喀的哲布尊丹巴等大小活佛转世一律施行“金瓶掣签”,转生于西藏平民之家。哲布尊丹巴呼图克图的转世灵童必须在西藏平民中选取,实行金瓶掣签制度,不准喀尔喀蒙古王公自行寻找转世灵童。由清廷掌控活佛传世权利,亦疏离哲布尊丹巴与喀尔喀蒙古王公原有的血缘联系。喀尔喀王公,特别是库伦宗教上层不愿意哲布尊丹巴呼图克图转生藏地,虽然自知无力改变,仍以各种方式试图恢复哲布尊丹巴呼图克图转世于喀尔喀,因此,此项制度的实行并非一帆风顺。经过多次迎请转世灵童,清朝政府、西藏地方与喀尔喀之间配合,形成了一整套寻找和迎请哲布尊丹巴呼图克图灵童的程序和惯例。哲布尊丹巴转世西藏后也给喀尔喀带来了许多新问题,包括西藏来的灵童不适应环境气候不能长寿,往来西藏迎请灵童因为道路遥远,耗费大量人力和物力,给喀尔喀带来沉重经济负担。自实行“金瓶掣签”制度以后,每逢哲布尊丹巴呼图克图转世,喀尔喀四部盟长、副盟长、副将军、参赞、库伦堪布诺门汗、额尔德尼商卓特巴等人共同将认定下一世之事奏报清朝皇帝,再依照其诏令迎请。对迎请哲布尊丹巴呼图克图转世灵童至喀尔喀虽未作出具体的规定,需参照迎请上一世活佛之事办理。认定新一世活佛之事始于上一世活佛圆寂之时,办理活佛圆寂后事、为圆寂的活佛修建寺庙、塔,做法会;派人去西藏（西藏拉萨）举办法会为其超度;寻访新一世呼毕勒罕;将新一世呼毕勒罕迎请至喀尔喀坐床,形成一个完整的程序。本文在前人研究基础上,利用藏于中国第一历史档案馆和蒙古国中央档案馆相关档案,对第三至八世哲布尊丹巴呼图克图转世于西藏之事作了详细的考证。揭示了清朝为实行这项政策所做的制度性安排的细节,如西藏达赖喇嘛和班禅额尔德尼及摄政活佛的配合,理藩院、驻藏大臣、西宁办事大臣为此所做的工作。西藏、青海、内蒙古地方的支援,喀尔喀赴西藏迎请遇到的各种困难,路途遥远和环境的艰险,人力、物力上四盟和库伦分摊,及对喀尔喀经济的影响等。同时涉及了清朝设立库伦办事大臣监管库伦事务和哲布尊丹巴呼图克图及其转世事务的细节。从具体史实分析了喀尔喀汗和王公对哲布尊丹巴呼图克图转世西藏抵触的原因。最初是土谢图汗及各部王公试图转将哲布尊丹巴传生于喀尔喀而与清朝的安排有抵触,后来主要是因为经济原因有抵触。指出清廷坚定不移实行政教分离政策,使哲布尊丹巴转世西藏,制止了喀尔喀政教合一的趋势和因为活佛转世而出现王公之间纷争,保障了喀尔喀政治和社会的稳定。与此同时也使喀尔喀四部和哲布尊丹巴库伦为活佛转世而付出了艰辛,在经济方面形成沉重负担。同时指出哲布丹巴呼图克图转世活动使喀尔喀四部在人力和物力方面分摊,逐渐协调一致,使哲布尊丹巴活佛成为凝聚喀尔喀的中心人物。总之,本文通过对三至八世哲布尊丹巴呼图克图转世过程的细化研究,揭示了清朝对喀尔喀和哲布尊丹巴呼图克图的政策,以及对哲布尊丹巴呼图克图及其转世进行控制和管理制度的形成过程,哲布尊丹巴呼图克图转世西藏对喀尔喀社会经济产生的影响。