在实验室条件下通过秸杆还土试验比较了克螟稻Bt基因表达最高期秸杆和同一时期亲本稻秸杆的添加对淹水土壤可培养厌氧细菌数量和细菌群落组成的影响。结果表明,与亲本对照相比,培养初期克螟稻秸杆的添加对淹水土壤厌氧发酵性细菌、产氢产乙酸细菌、反硝化细菌和产甲烷细菌的数量产生了显著性影响,但培养后期这种显著性差异基本消失。PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱和主成份分析(PCA)结果表明,两种秸杆处理土壤细菌群落组成在培养的第3周和第5周达到显著性差异,随着培养时间的延伸,两种秸杆处理土壤间细菌群落组成的差异逐渐减小。到培养的第11周,两种秸杆处理土壤间细菌群落组成的差异基本消失。尽管如此,在培养的整个过程中,秸杆处理土壤中可培养厌氧性细菌数量和土壤细菌群落的组成均与纯土对照存在显著性差异。试验结果表明,在实验室培养的条件下,没有观察到转Bt基因克螟稻秸杆对淹水土壤微生物明显的长期负面影响。 田间试验条件下,研究了水稻转Bt基因对水稻根际土壤AM真菌数量和残茬物质(秸秆和根)的田间降解速率的影响。结果表明水稻转Bt基因对根际土壤AM真菌的数量和残茬物质(秸秆和根)的田间降解速率均没有显著性影响。