据教育部的公开信息显示,我国财政性教育经费支出逐年增加。然而尽管财政部门对高等教育的支出持续增加,但是大部分高校仍然资金紧缺,收支平衡压力突出。高校财政专项资金一直是国家财政性教育经费支出的一个重要组成部分,财政拨款是否到位,高校对于财政专项资金的使用是否合理、合规,以及使用效率的高低都对高校的教学水平、招生规模以及未来发展有着重大影响。与此同时,国家财税体制改革稳步实施,全面实施预算绩效管理迅速推进,公共预算改革逐渐从投入倾向转向成果导向,高校实施以绩效为中心的预算管理改革、推进绩效审计及其信息公开的呼声也越来越高。现阶段,我国很多高校对具体财政专项资金的使用还缺少合理的规划和科学的审计,对此要进一步对高校财政专项资金的绩效审计进行研究,来加强专项资金的合理配置,提高财政专项资金使用的效率。本文从审计的角度出发,通过研究高校财政专项资金绩效审计的相关理论,探索反映高校财政专项资金绩效审计的科学审计方法。并从实践出发,以案例研究的方式分析当前高校财政专项资金绩效审计过程中存在的问题,提出改进建议。首先,介绍文章的研究背景,并分析这一领域研究的意义。其次,对绩效审计的理论基础:审计理论、绩效评价理论、新公共管理理论分别进行阐述,为后续的研究充实理论基础。通过梳理相关文献总结该领域的相关研究成果,并对这一领域内的理论研究进行评述,指出本文研究的理论意义和必要性。第三,分析我国当前高校财政专项资金绩效审计的制度背景、实践现状和存在的各种问题,指出当前开展高校绩效审计研究的必要性。第四,对案例研究做深入调研,从教育教学改革专项资金的制度背景、A高校的基本简介、A高校绩效审计工作现状、教育教学改革专项资金的使用情况、高校绩效自评现状等入手,得出当前A高校财政专项资金绩效审计仍旧是一个缺乏理论指导的工作领域。第五,通过分析A高校绩效审计流程中存在的问题,提出优化改进思路,并采用层次分析法进行指标赋权,并对各项指标进行评价,得出最终审计结论。通过对比改进前后绩效审计流程,总结改进后的绩效审计流程的突出特点,并总结出案例启示,为A高校后续开展绩效审计工作提供借鉴。最后,对本文的研究内容进行总结,并得出一般性结论,并指出本文的不足之处。本文的研究进一步丰富了高校绩效审计的理论研究,并为当前高校审计部门进行财政专项资金绩效审计提供了经验。