获取蛋白质的结构和功能是后基因组时代的重要课题。使用X光晶体衍射和核磁共振技术等实验手段测定蛋白质的三维结构，以及使用生物化学方法研究蛋白质的功能效率不高，已经无法适应蛋白质序列飞速增长的需要。在生物信息学中，通过利用结构已知的蛋白质模板预测新序列的结构可以建立序列与相应结构和功能之间的联系，从而用较低的成本和较短的时间预测出蛋白质的结构和功能。 本文研究目的是给定一个蛋白质序列，通过采用折叠识别的方法最终预测出该蛋白质核心的拓扑结构。主要工作包括： (1)蛋白质折叠核心的提取及折叠核心模板数据库的建立本文提取了序列相似性低于25％的822个全β类蛋白结构域，通过看图软件RASMOL提取其核心的特征模式，构建了全β类蛋白包含72种折叠核心的非冗余模板数据库。 (2)蛋白质折叠核心识别方法的建立定义二级结构比对方法及二级结构比对函数SS，建立在对已知结构蛋白质氢键分布统计基础上的长程作用势能函数BP及打分函数P用于蛋白质折叠核心的识别。 (3)蛋白质折叠核心识别软件FRESH的编制基于本文所述方法，设计蛋白质折叠核心识别软件FRESH。软件的计算模块采用PERL语言，操作界面基于HTML语言的网络浏览器，通过CGI后台调用PERL程序。 结果：对从SCOP1.69中随机抽取的三个测试集共163个蛋白结构域进行预测，预测结果中P值最小者即为正确折叠核心的概率为49％，P值排在前十位的折叠核心包含正确折叠核心的概率为81％。 本文的方法在简化计算的同时保持了较好的效果，在很短的时间内可以预测结构未知蛋白的核心拓扑结构，为进一步研究蛋白质的结构和功能提供依据，因此具有一定的发展潜力。