清朝的墨尔根副都统衙门设置于墨尔根地方，隶属于黑龙江将军衙门。它既是一个军事机构，同时也是一个行政机构，具有军政合一的性质。在抗击沙俄侵略的过程中，墨尔根由于其特殊的地理位置，成为军事要地。墨尔根副都统衙门设置时期正是康熙对东北军事驻防实施全面部署时期。康熙帝先后因军事需要，在黑龙江将军和吉林将军辖区内，设置了5个副都统衙门。墨尔根副都统衙门是清政府在黑龙江地方设立的第二个副都统衙门。墨尔根起初只是一个驿站，康熙二十九年(1690)，清政府将黑龙江将军、副都统及黑龙江满洲驻防兵500人移驻墨尔根，墨尔根副都统衙门建立。直至光绪三十四年(1908)裁副都统衙门，置嫩江府。200多年中墨尔根副都统衙门，为抗击沙俄对我国黑龙江流域的侵略，保证前线与清政府各部门间的信息传递，物资运输，守卫边疆发挥了重要作用。墨尔根与瑷珲、卜魁形成犄角之势，结成保卫黑龙江边地的重要堡垒，对当时东北边防及建设都有着十分重要的影响。从其设置、移驻、裁撤，从它的建置，建设都可以反观当时黑龙江及整个东北的边疆局势，政府的战略措施等等。清朝墨尔根副都统衙门的研究作为清代东北地方史研究中的重要组成部分，是清朝黑龙江地区建置沿革研究中的重要一环，对了解清代黑龙江及至整个东北驻防八旗的兴废历程具有重要的意义。目前对该课题的研究十分有限。为了弄清清朝墨尔根副都统衙门的建置沿革等问题，本文在梳理史料的基础上，对清朝墨尔根副都统衙门进行了深入的实地调查和认真的分析、归纳，从中可以看出，清朝在墨尔根所设置的副都统衙门对于当时黑龙江及整个东北地区的政治、经济、军事等方面，都产生了深刻的影响，起到了重要作用。