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阿尔戈蛋白(Ago)在生物体中是普遍存在的,按照来源的不同,可以分成两大类,即真核Ago蛋白和原核Ago蛋白。在真核生物中,它是RNAi通路中的关键蛋白,其功能是作为基因表达的调节系统。在原核生物中,它是一类抵御外来入侵基因组的防御系统。Ago蛋白系统已经被设计用于基因沉默和基因组编辑,在生物学研究中扮演着重要的角色。随着越来越多各种微生物基因组和蛋白质组的增加,迫切地需要计算工具来研究Ago蛋白。在这里,我们开发了两个Ago蛋白的研究工具,即AGONOTES和AGO3D。AGONOTES是一个识别Ago蛋白并注释其结构域的网络服务。它使用BLASTP相似性搜索算法识别Ago蛋白并将其分为三类,即原核Ago蛋白、真核Ago蛋白和非Ago蛋白。然后可以使用多序列比对程序MUSCLE将Ago蛋白与相应的标准Ago蛋白组进行比对。Ago蛋白的所有结构域可以通过BioPerl的Bio::Graphic模块进一步从比对结果中进行划分并将其友好的可视化展示。AGONOTES与现有的工具,如CD-Search和UniProt等数据库相比,它在结构域注释方面有更好的表现,这对研究新的Ago蛋白来说是至关重要的。用户可以通过登陆http://i.uestc.edu.cn/agonotes/网址免费访问AGONOTES。AGO3D是一个可识别Ago蛋白并构建其三维结构的在线服务。它与AGONOTES一样,利用BLASTP相似性搜索算法识别Ago蛋白。然后可以使用蛋白质同源三维结构建模算法MODELLER自动化实现Ago蛋白三维结构的构建。Ago蛋白的三维结构可以通过JSmol软件进行可视化展现。AGO3D与现有的三维结构建模在线工具,如Swiss-Model、Phyre2和ModWeb等相比,在三维结构构建的时间与质量上具有优势,并且具有更友好的用户使用界面。因此,该工具对研究新Ago蛋白来说还是很有帮助的。AGO3D的免费访问网址是http://i.uestc.edu.cn/ago3d/。本文开发的AGONOTES和AGO3D两个工具都是专门针对Ago蛋白研究开发的工具,可以很好的实现从Ago蛋白一级序列的识别到结构域的注释和三级结构的构建。这为领域内的科研人员对Ago蛋白的初级研究提供了方便。