漾濞核桃（Juglans sigillata Dode）为云南省重要的经济林树种之一，随着云南省核桃产业的发展，对于核桃遗传背景方面知识的需求和应用科学手段鉴别核桃品种，维持核桃市场秩序的需求日益增加。本研究利用RAPD（Random Amplified Polymorphic DNAs，即随机扩增多态性DNA）分子标记和ISSR（Inter-simple Sequence Repeats简单序列重复间区）分子标记技术对云南省11个漾濞核桃品种进行分子鉴别和遗传分析。为品种鉴别提供分子水平上的参考，为核桃的育种提供理论依据。参试的11个核桃品种包括4个云南乡土核桃品种：漾濞泡核桃、大姚三台核桃、夹绵核桃和铁核桃和7个优良杂交品种：云新高原核桃（云新7914号）、云新云林核桃（包括：云新7926号、云新8034号、云新8064号）、云新90301号、云新90303号和云新90306号。研究的内容及结果如下： 1．DNA提取：以漾濞泡核桃不同生长时期的叶片为材料，采取了高盐低PH法和CTAB沉淀法提取基因组DNA，并通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计和RAPD扩增3种方法对所提取的DNA样品进行检测。比较所得DNA的产量、质量，认为不同发育时期叶片得DNA提取效果不同，其中以冬芽和新叶效果较好，老叶最差；两种提取方法得到得的DNA产量和质量有所不同，高盐低PH法提取的DNA纯度高，但是产量较低，而CTAB法则相反，产量高，纯度低。 2．建立稳定的反应体系以漾濞核桃中的大姚三台核桃为实验材料，通过对影响RAPD扩增结果的主要因子：Tag酶、Mg⁺²、引物、模板DNA、dNTPs等不同的浓度组合和扩增程序的试验研究，确定了漾濞核桃的最适RAPD反应体系和扩增程序。即在25uL反应体系中包括0.75u.L^-1Taq DNA聚合酶，3.0mmol.L^-1Mg⁺²，0.3mmol.L^-1引物，含1.6mg.L^-1模板，2.5ul 10×Buffer，dNTPs各0.2mmol.L^-1。扩增程序为：94℃预变性300s，94℃变性40s，36℃退火60s，72℃链延伸120s，45次循环后，72℃延伸600s。 ISSR反应体系和扩增程序为总的20uL反应体系中包含：模板DNA 1.0uL（50ng），10×Buffer2.0uL，10pmol.uL^-1引物1.5uL，2.5mM dNTPs 1.6uL，25mM Mg⁺²1.8uL，5U TaqDNA聚合酶0.12uL，ddH₂O 11.98uL；热循环体系为：95℃预变性600s，然后94℃变性30s，50℃退火60s，72℃链延伸120s，共35个循环最后72℃延伸420s。 3．引物筛选通过对RAPD和ISSR引物的筛选，分别筛选出8个能够扩增出清晰、稳定并能扩增出多态性位点的RAPD引物和ISSR引物。RAPD引物为：SBS A07、SBS A08、SBS B06、SBS E11、SBS F10、SBS S03、SBS S06和SBS S10；ISSR引物及其退火温