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海带是具有很高的经济价值的大型海藻,被广泛的应用于食品加工业、医药业和化工业。我国自20世纪50年代开始海带商业化栽培,经过半个多世纪的发展已成为我国重要的经济海藻,在栽培面积和养殖总产量方面均居世界首位。虽然AFLP技术在海带的研究中已有一些报道,但是相对于高等植物的研究规模和程度还有很大的差距,而且其他的分子标记技术在海带中的应用进展缓慢,例如SSR等标记的数量仍然较少,不能满足海带较为复杂的基因组的遗传结构分析工作。通过本实验进一步研究AFLP技术在藻类上的应用,开发适用于海带的AFLP实验方法并研究AFLP对海带养殖品种遗传分析的适用性,并期望丰富海带的标记数量。另外,本研究期望利用AFLP技术对我国五个主要的海带栽培品系进行遗传多样性和亲缘关系的探究,从而对其养殖种苗进行鉴定和评估,为进一步的海带遗传育种提供技术数据。本研究利用AFLP标记对我国五个主要的海带养殖群体进行遗传多样性和亲缘关系的分析。通过11对选择性引物共检测到197个位点。在种群水平上,多态性位点比例(P),基因多样性(H)和香农指数(I)在三海种群中最高(P:38.58%;H:0.1580;I:0.2291),而在荣福种群中最低(P:22.84%;H:0.0840;I:0.1233)。对所有种群来说,P,H和I值分别是64.47%,0.2136和0.3232。说明五个海带养殖群体之间遗传多样性很低,种间较低的基因多样性说明由于高度近交大部分基因座位都达到了纯合状态。依据个体间的遗传相似度矩阵数据,通过非加权类平均法(UPGMA)构建系统树图,可将这五个养殖群体聚成三大类,采集自南方的三海,连杂二号,福建与来自北方的爱伦湾,荣福遗传距离较远。AMOVA分析显示,45.53%的遗传变异存在于种群间,54.47%存在于种群内。遗传分化系数GST值是0.3917,FST值为0.4553,基因流Nm为0.3882,说明这五个海带养殖群体有明显的遗传差异。