随着设施农业的不断发展，设施农业带来的经济效益日益突出。从经济角度出发，设施农业的发展能够保障农产品的供给，给生产者带来经济收益。但最近几年，由于农药、食品饲料添加剂、动植物生长激素滥用以及环境污染等造成的农产品不安全也相当严重。农产品安全不仅仅关系到消费者的健康，对一个国家的经济正常发展，对社会的稳定以及政府的威望也影响至深、密不可分，特别是最近几年来国内外发生的一些重大食品事件，使得公众开始对食品安全的关注，甚至重视程度都提高到了一个前所未有的水平。随着社会、经济的不断发展，人类所面临的食品安全问题越来越突出，加之人类对健康水平要求的不断提高，当务之急就是要重新评估食品安全问题，并及时采取相应的对策建议以改善食品安全，这也是当前各国政府都高度重视并积极努力解决的课题。本论文主要研究设施农业农产品质量安全问题，目前，从国内已有的研究成果来看，其内容主要集中在从政府、监管机制的角度去研究农产品质量安全问题。对于农产品安全的全面系统研究，对于如何从农产品质量安全的各个利益主体综合考虑研究，建立健全的管理来保障其安全性，目前国内研究甚少。本论文以经济人假设理论、信息不对称理论、交易费用经济学理论等相关理论为基础，运用文献研究及实地调研相结合、规范与实证分析相结合、定性与定量分析相结合等方法，首先通过研究新疆设施农业农产品质量安全现状及存在的主要问题，结合资料及阜康等地区的实地调研和数据统计，分析出影响设施农业农产品质量安全的环境因素，并了解其危害性；然后，分析设施农业农产品质量安全的人为因素，即利益相关者，结合实地调研和数据统计，对利益主体的职能和行为上进行研究分析；其次，通过资料的整理及实地的调研，总结出设施农业农产品质量安全生产组织模式，并通过对模式的分析以及结合利益主体，分析在一定模式下参与的利益主体以及利益主体在该模式下的职能，通过这些分析，总结出安全控制模式；最后，从生产者、消费者等利益主体角度并结合实证部分，提出相对应的配套措施来控制生产者和消费者的行为，加强对设施农产品质量安全的监控，从而完善设施农业农产品质量安全体系。研究结果表明：（1）生产者是确保农产品质量安全的第一负责人；（2）确保农产品质量安全，需要广大消费者的积极参与；（3）政府在农产品质量安全体系中占主导地位，对农产品质量安全起保障作用。