长叶榧（Torreya jackii Chun）为中国所特有的新生代第三纪孑遗裸子植物，为濒临灭绝的珍稀树种，被列为国家2级重点保护植物。应用随机扩增多态 DNA(random amplified polymorphic DNA，RAPD)和简单序列重复区间（inter-simple sequence repeat，ISSR）两种分子标记技术，分析长叶榧的遗传多样性和遗传结构，揭示长叶榧种群、亚种群遗传多样性的现状以及不同世代间遗传多样性的变化规律，从而更清楚地认识长叶榧种群遗传变异的空间分布格局、生存潜力和濒危程度，为制订合理的保护策略提供理论依据。主要研究结果如下：　　1、借助RAPD分子标记，分析了9个长叶榧自然种群的遗传多样性和遗传分化，12个随机引物在180个样品中可检测到180个可重复的位点，其中多态位点119个。长叶榧物种水平的遗传多样性较高，多态位点百分率（P）为66.11％，Shannon信息指数（I）为0.3087，Nei指数(h)为0.2015；而种群水平的遗传多样性水平较低，P、I、h分别平均为23.76％、0.1221和0.0813。AMOVA分子变异显示，42.57％变异来源于种群内，57.43%变异来源于种群间，种群间的遗传分化系数（Gst）为0.5965，种群间的遗传分化程度高。长叶榧种群间的基因流很低，为0.3382。瓶颈效应、种群隔离、种群间基因流低等因素都加剧了长叶榧种群间的遗传分化。9个长叶榧种群间的平均遗传距离为0.1630。通过UPGMA进行聚类，可将9个长叶榧种群分为浙江和福建两大类群。　　2、采用ISSR分子标记对浙江省桐庐县白云源森林公园的6个长叶榧亚种群进行分析，12个引物对6个长叶榧亚种群的120个个体进行扩增，共得到194个位点，其中多态位点87个，总多态位点百分率（P）为44.85%，平均为29.21％。长叶榧总Shannon信息指数（I）为0.1663，平均为0.1199；总Nei指数（h）为0.1035，平均为0.0755。P、I、h均表明长叶榧总体水平的遗传多样性较高，而亚种群水平的遗传多样性较低。AMOVA分子变异分析结果显示，21.45%的变异存在于亚种群间，78.55％的变异存在于亚种群内。长叶榧亚种群间的遗传分化系数（Gst）为0.2705，基因流为1.3478。6个长叶榧亚种群的平均遗传距离为0.0370，根据亚种群间的遗传距离进行UPGMA聚类，结果为生境相似的亚种群聚在一起。　　3、按胸径将浙江省桐庐县白云源森林公园长叶榧种群划分为成体、小树、幼苗3个年龄级，利用RAPD和ISSR两种分子标记对不同年龄级的遗传多样性及遗传分化进行分析。12个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出199和180个条带，总多态位点百分率分别为44.72％和56.11％。RAPD和ISSR分析均显示，3个年龄级的多态位点百分率、Shannon信息指数、Nei指数以成体最高，小树次之，幼苗最低，表明长叶榧种群遗传变异呈衰退趋势。分子方差分析（AMOVA）表明长叶榧种群不同年龄级内、年龄级间均存在遗传变异，但遗传变异主要存在于年龄级内。RAPD和ISSR分析显示，长叶榧种群不同年龄级间的遗传分化系数（Gst）分别为0.2869和0.3077，基因流（Nm）分别为1.2412和1.1231。长叶榧种群不同年龄级间的遗传相似度以幼苗与小树最高，小树与成体最低。通过UPGMA进行聚类，RAPD和ISSR分析结果均表明幼苗与小树先聚合，再与成体聚在一起。在长叶榧种群不同年龄级中，ISSR能检测到比RAPD更多的遗传变异，经Mantel检验，两种分子标记的分析结果相关性极显著（p<0.01）。　　根据长叶榧种群的遗传结构，在就地保护时应当对尽可能多的种群和亚种群实施保护，尤其要加强对成体的保护，同时要创造长叶榧生存的适宜生境；在迁地保护时应当从所有种群、亚种群的不同年龄级中采集样本，同时尽量避免在种群之间实施种质迁移。