随着国内大城市总部经济的纵深发展，出现了同一城市内部发展多个总部集聚区的现象。而一些城市内部缺乏良好的格局定位，使得各个城区在总部企业的招商过程中形成了恶性竞争，最终使总部经济陷入了“红海”。以城市内部各区块作为空间比较对象的总部经济发展研究，对明确城区总部经济发展的方向性选择以及城市总部经济发展的整体格局具有参考价值。本文在归纳国内和国外学者的研究成果及其应用实践的基础上，对总部经济理论进行梳理。并深入探讨了总部经济差异化发展机理以及已有的总部经济发展能力评级体系的适当性。在此基础上，根据城区比较的实际情况，构建杭州城区总部经济发展能力的评价体系，利用因子分析法对诸多影响城区总部经济发展能力的要素进行降维处理，得出影响城区间总部经济发展能力差异的主要影响因子，从而对杭州六大城区总部经济发展能力进行实证评价，并结合城区现状，深入比较了各主因子包含的相关要素。最后，基于总部经济差异化发展机理，对应各城区总部经济综合发展能力强弱与各城区不同方面的因子优势，得出了各城区适于发展的总部经济的层次与类型的结论，并根据结论提出了各城区总部经济差异化发展的政策建议。