南四湖位于山东省微山县境内，由南阳湖、昭阳湖、独山湖和微山湖四个无明显分界的湖泊相连而成。在山东省蓝色经济发展战略和南水北调工程中都占有相当重要的地位。近年来，随着经济的发展，南四湖水污染问题也越来越严重，大量的工业、生活和农业污水未经处理直接排入南四湖，造成南四湖和汇入河流的污染。湖区的水质污染破坏了南四湖的生态系统，对南四湖的渔业生产和水资源都构成了严重的威胁。本研究主要通过提取南四湖18个采样点沉积物的细菌总基因组DNA，构建细16SrDNA文库后，经过ARDRA分析后，测序细菌16SrRNA序列来研究南四湖细菌群落结构的多样性。同时分析采样点环境理化数据，来研究细菌群落的多样性与环境因子之间的相关性。研究结果表明：南四湖四个湖区水体均呈现不同程度的富营养化，其中南阳湖的达到了重度富营养化。南四湖四个湖区具有较高的细菌种群多样性，Shannon-Wiener指数3.31到3.65之间。细菌主要包括变形菌门、拟杆菌门、绿弯菌门、绿菌门、疣微菌门、浮霉菌门、酸杆菌门、消化螺旋菌、黏胶球菌门、螺旋体门、厚壁菌门、蓝细菌和未分类的细菌组成，其中变形菌和拟杆菌是主要的优势种群。我们的研究结果证实了南四湖沉积物中具有丰富的细菌种群多样性，细菌的种群多样性跟环境中总磷的含量呈正相关。