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采用FIASCO方法构建大黄鱼(AC)n微卫星富集文库,阳性克隆率为66.4%,总共得到631个含有微卫星的序列,设计了微卫星引物413对。用其中11对引物分析了官井洋野生群体(N=30)和宁波养殖群体(N=38)的遗传多样性,野生群体的平均观测杂合度为0.648,平均期望杂合度0.803,平均等位基因数为8.5,平均多态信息含量值为0.764。养殖群体中平均观测杂合度为0.708,平均期望杂合度为0.693,平均等位基因数为4.5。结果表明大黄鱼野生群体和养殖群体的遗传多样性都较低。从NCBI数据库中获得1205条大黄鱼EST序列,其中48条含有微卫星,利用30个官井洋野生大黄鱼个体检测48个位点的多态性,从中筛选出16个多态性的微卫星标记,这些位点在官井洋野群体中的等位基因数为3-11,多态信息含量为0.115～0.866。16个EST-SSRs位点在小黄鱼、黑鳃梅童鱼、棘头梅童鱼、白姑鱼和皮氏叫姑鱼中能够通用的引物对分别为14、12、11、7和6对。大黄鱼微卫星引物在近缘物种的通用性及扩增出的多态性位点比例随着物种间遗传距离的增加而呈下降。以来自不同群体、遗传差异较大4尾雌鱼与4尾雄鱼为亲本,构建了1个4♀×4♂混合繁育群体,养殖到成鱼阶段,借助微卫星标记进行亲子鉴定重建群体的系谱关系,从中选择2个同父异母的半同胞家系为作图群体,利用LINKMFEX软件分别构建了2个家系大黄鱼微卫星标记连锁图谱,分别含有115个和224个标记。借助LINKMFEX软件的MERGE程序进行图谱整合,整合的大黄鱼遗传连锁图谱上共有251个微卫星标记,其中包括47个EST-SSR标记。雌性整合图谱含有206个标记,覆盖24个连锁群,每个连锁群的平均标记数为8.6个,图谱总长度为827.9 cM,标记间的平均间隔为4.5 cM,图谱的覆盖率为76.5%；雄性整合图谱含有179个标记,覆盖24个连锁群,每个连锁群的平均标记数为7.5个,图谱总长度为1000.4 cM,标记间的平均间隔为6.5 cM,图谱的覆盖率71.5%。同一连锁群上相同位点间的重组率存在雌雄不一现象,总体上是雌性重组率高于雄性,雌性亲本与雄性亲本重组率的比值从0.1到3.6,平均为1.3：1。利用构建的微卫星标记连锁图谱,采用MapQTL 5.0软件对1个作图家系(CC家系)的全长、体长、体高和体重性状进行了QTL定位分析,这4个性状的表型相关均达到极显著水平(P<0.001),Pearson相关系数从0.955至0.991。总共定位了26个QTL,包括7个全长、6个体长、7个体高和6个体重QTL,成簇分布于LG1、LG2、LG7、LG8、LG10、LG11、LG17、LG23上。这些QTL在大黄鱼整合图谱上存在成簇分布现象,说明这些生长相关的性状可能具有共同的遗传基础。单个QTL可解释的表型变异从6.5%到73.0%。用ANOVA分析QTL临近标记不同基因型个体表型值的差异,发现了11个位点各基因型个体间表型值存在显著或极显著差异。