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目的通过对云南省大关县、永平县、禄劝县三县新型农村合作医疗的调查研究,进一步了解云南省贫困地区新型农村合作医疗运行现状,综合三县新农合运行的成功和不足之处,对现行新型农村合作医疗开展过程中所遇到的问题及取得经验进行总结,找出贫困地区新型农村合作医疗制度实施中的难点和重点问题,提出因地制宜的政策建议,为贫困地区新型农村合作医疗制度提供参考依据。方法本研究为描述性研究,通过调查表,收集三县2007年以来新农合补偿方案、参合情况、资金筹集、资金使用等资料；采用了个人深入访谈及集中小组讨论两类定性方法收集相关信息。结果2009年三县农民人均纯收入都低于云南省农民人均纯收入的3369元和国家的农民人均纯收入的5000元,为国家级贫困县。2009年三县的参合率都超过了90%,分别为禄劝县95.22%、大关县91.46、永平县93.90%,筹资标准均达到人均100元。2007年～2009年门诊受益率,禄劝县分别为64.91%、68.56%、93.35%；大关县分别为43.12%、145.75%、157.15%；永平县分别为68.78%、196.28%、219.44%。2009年次均住院补偿占农民人均纯收入的比例分别为禄劝县24.81%、永平县23.04%、大关县21.65%,在一定程度上减轻了农民的医疗负担。次均门诊费用控制较好,村卫生室控制在30元以内,乡镇卫生院控制在40元以内。次均住院费用县级以上医疗机构住院次均费用所占比例最高。卫生机构数基本上达到乡乡有卫生院,村村有卫生室。“有人无编”或“无人有编”的问题普遍存在。结论三县2007年～2009年基本上都保持较高的参合水平,新农合筹资情况良好,应做实筹资工作,建立长效筹资机制。三县新农合资金使用稳定。门诊实际补偿比例及次均补偿费用较低,费用控制较为保守,建议做好宣传动员工作,提高农民门诊利用率。制定合理的起伏线、封顶线、补偿标准,逐步完善补偿方案,对经济困难人群给予政策倾斜,提高新农合公平性。加强医疗机构监管,控制医药费用增长。加大经费支持力度,提高管理水平,加强新农合经办能力建设。完善农村卫生服务体系,加强卫生队伍建设,合理配置卫生资源。加大中央财政对贫困县的转移支付力度。