医药制造业是集资本、技术和知识为一体的朝阳产业,也是涉及国计民生的战略产业。医药制造业作为高新技术产业之一,只有依靠技术创新,才能实现其产业技术进步、促进产业持续健康发展。经过几十年发展,中国医药制造业取得了巨大成就,成为世界制药大国,其中,西药制剂产能居全球第一,原料药产量居世界第一。然而,医药制造业的资源是有限的,投入不可能无限增加,要想获得持续的增长,在增加创新研发投入的同时,更应该注重提高医药制造业技术创新效率水平。鉴此,本文以医药制造业技术创新效率作为研究对象具有重要的现实意义。本文首先从国内外有关技术创新与技术创新效率的理论研究出发,建立本文的理论基础；而后对我国医药制造业技术创新现状进行了总体分析。在此基础上,通过系统地回顾和研究技术创新水平测度指标体系,构建出我国医药制造业技术创新指标体系,并运用数据包络方法建立医药制造业技术创新效率模型,采用1995-2008年我国22个省市医药制造业的省际面板数据,测算出我国医药制造业创新的技术效率、纯技术效率与规模效率,静态分析医药制造业技术创新低效的原因；而后利用基于DEA的Malmquist指数测算出我国医药制造业技术效率变化、技术进步和技术创新效率变化,动态分析各省市医药制造业技术创新效率变动原因。最后,在前人理论及实证研究的基础上,结合我国医药制造业技术创新现状,提出有关影响我国医药制造业技术创新效率的五个因素的研究假设,即：R&D投入、企业规模、成长能力、政府投入及人力资本素质,并运用面板数据的固定效应模型进行回归分析,得出R&D投入、成长能力和政府投入对我国医药制造业技术创新效率的提高有正向作用,而企业规模和人力资本素质对我国医药制造业有负向作用。最后,结合全文理论及实证研究,提出增强我国医药制造业技术创新效率的政策建议。