跟踪审计的实施将审计介入时点前移，能够及时发现问题并督促整改，实施跟踪审计所产生的积极效果毋庸置疑。伴随着审计实践的推进，政府投资项目跟踪审计又存在着一些困境。本文在回顾政府投资项目跟踪审计制度背景演变的基础上，梳理出当前政府投资项目跟踪审计的效果表现：审计强度失调、盲目追求审计业绩的“GDP”、委托中介机构串谋行为的难约束以及审计人员“越俎代庖”等。本文以深度访谈和审计案例为研究载体,聚焦审计主体、审计模式以及审计内容等三个审计要素来对影响跟踪审计效果的因素和机理进行分析。在审计要素的划分上，主要分为：审计机关对工程管理事项直接审计和委托中介机构对工程投资资金的审计。在梳理政府投资项目跟踪审计的成效与困境的基础上，进一步对跟踪审计效果的影响因素进行分析。在政府审计机关直接审计下，业绩评价机制的欠缺、跟踪审计问责机制的缺失以及角色定位的错混等影响着跟踪审计的效果。而业绩评价机制的症结正是管理事项审计业绩难以“货币化计量”、“重显性、轻隐形”审计业绩以及审计建议“流于形式”所致。在委托中介机构审计方式下，缺乏正向激励导致审计强度的失调以及审计付费投入不足导致审计资源配置的不优化影响着跟踪审计的效果，而这两个因素都归结于审计收费机制设计。同时，委托审计方式下相关主体的串谋行为也严重影响跟踪审计的效果。最后，本文在对跟踪审计效果影响因素分析的基础上，提出一些解决问题的对策和建议。