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目的:探讨猪Retn基因3个外显子、2个内含子和部分5′端启动子是否存在单核苷酸多态性,及其与脂肪沉积调控、肥胖的相关性。
方法:选择六个品种纯种猪(蓝塘猪、陆川猪、临高猪、大白猪、长白猪、杜洛克)和长-蓝F<,2>代资源家系,采用PCR-SSCP方法,对Retn基因各片断进行了筛查,结合相关表型性状分析了Retn基因变异与猪脂肪沉积的的相关性。结果表明:
1、六个品种纯种猪Retn基因外显子除在外显子-2上检测有多态外,其余2个外显子片断均未发现多态。此突变仅在地方品种临高猪中发现2例(C577G),且并未造成氨基酸改变。其它地方品种与瘦肉型品种Retn基因外显子是否存在上述突变尚需进一步证实。
2、六个品种纯种猪中Retn基因启动子片断发现3种基因型。外来瘦肉型品种大白、长白、杜洛克猪中没有TT、CT型,即所检测的瘦肉型品种猪群体中不存在T等位基因。地方品种蓝塘猪、陆川猪、临高猪都有CC、TT、CT基因型,且突变型TT均为多数,依次占67.2%、58.5%、51.2%。Retn基因启动子片断等位基因T的基因频率与瘦肉率呈负相关,与脂肪沉积呈正相关。
3、从纯种猪Retn基因内含子-1中检测到6种基因型,地方品种除蓝塘猪中没有检测到F等位基因外,其余品种6个基因型都有,其中蓝塘猪和陆川猪等位基因E是优势基因,临高猪等位基因F是优势基因;外来品种EE野生型是优势基因型,GG型仅在长白猪中检测到2例,大白、长白、杜洛克猪中未检测到FF基因型。等位基因G基因频率按蓝塘猪、陆川猪、临高猪、杜洛克、大白猪依次降低且主要存在于地方品种中,脂肪沉积量也是依次降低,推测14个核苷酸插入的突变型GG与脂肪沉积相关。由此可见内含子-1中的突变主要存在于地方品种,其中等位基因E、F、G在地方品种中分别占45.8%、33.1%、21.1%,而在瘦肉型品种等位基因E、F、G依次占95.5%、1.7%、2.8%,说明不同等位基因的基因频率与品种及选育目标有关。
4、纯种陆川猪和临高猪Retn基因内含子-2中存在6种基因型,M是优势等位基因,蓝塘猪未检测到LL型,优势等位基因是N;长白猪中检测到1例NN型,未见LL型,野生型MM是优势基因型,占88.8%;大白、杜洛克猪中未检测到LL和NN基因型,优势等位基因是M。其中等位基因N基因频率按蓝塘猪、陆川猪、临高猪、长白猪、大白猪依次降低且主要存在于地方品种中,推测突变基因型NN与瘦肉率低、脂肪含量高有关。
5、F<,2>代Retn基因启动子、内含子-1、内含子-2都检测到3种基因型,其余无多态,较之纯种猪多态性没有发现等位基因F、L。其中启动子三种基因型分布比较均衡,等位基因C是优势基因,内含子-1等位基因E是优势基因,内含子-2等位基因M是优势基因。脂肪相关表型性状的测定结果表明,各片段基因型间胴体平均背膘厚、板油重、皮脂率大体上突变基因型大于野生型个体,瘦肉率则相反,这与上述纯种猪各基因型频率分析结果一致,显示Retn基因突变可能导致猪机体脂肪沉积量、皮脂率升高,推测Retn基因的突变与脂肪沉积调控相关。