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水牛既是我国南方水稻种植区的重要役畜，也是人们的重要食物来源。根据表型和习性可将家养水牛分为两类：沼泽型水牛（2n=48）和河流型水牛（2n=50）。我国的地方水牛为沼泽型水牛。目前，对于水牛起源进化的研究在考古学、形态学与分子遗传学方面均有涉及，大量线粒体DNA的研究虽能提供水牛母系起源的证据，但仍需Y染色体分子遗传多样性方面的研究来提供水牛父系起源的遗传学证据。本研究以14个中国地方水牛类群的229头水牛为研究对象，以5头河流型公水牛样本为对照，利用已发表的水牛Y-SNP多态位点和GenBank上公布的家牛Y染色体序列信息，选择位于MSY区的SRY、ZFY、USP9Y、DBY、UTY、OFD1Y、AMGY、AMELY、TSPY及RPS4Y1共10个基因，新设计50对水牛Y-SNP特异性引物，采用混合DNA池、PCR扩增产物直接测序等方法，筛选水牛Y-SNP多态标记；利用TA克隆及测序的方法对水牛Y染色体多拷贝基因进行鉴定，得到以下结果：1、水牛Y-SNPs筛选(1)通过对位于MSY区的10个基因（SRY、ZFY、USP9Y、DBY(DDX3Y）、UTY、OFD1Y、AMGY、AMELY、TSPY及RPS4Y1）进行Y-SNP筛选，在USP9Y、ZFY及SRY三个基因中新发现9个Y-SNPs，其中沼泽型水牛种内发现3个Y-SNPs，沼泽型水牛与河流型水牛种间发现6个Y-SNPs，表明家养水牛的Y染色体遗传多样性比较丰富。(2)在沼泽型水牛与河流型水牛种间发现的6个Y-SNPs，经检测均能有效地区分这两种水牛类型。(3)河流型水牛对我国本地沼泽型水牛基因库有渗入现象，在德宏水牛、江汉水牛以及广西水牛群体中均发现了河流型水牛的Y-SNP。(4)在一些水牛单个个体Y-SNP测序结果中发现双峰现象，推测可能是多拷贝基因所致。2、水牛Y染色体多拷贝基因的鉴定(1)本研究首次利用TA克隆及测序分析技术，对水牛Y染色体MSY区的SRY、ZFY、USP9Y、DBY(DDX3Y）、TSPY、OFD1Y、AMGY、AMELY及RPS4Y1共9个基因进行鉴定，初步证明水牛Y染色体的USP9Y、SRY、AMELY、DBY(DDX3Y)、OFD1Y、TSPY及RPS4Y1共7个基因为多拷贝基因，不能再对其进行Y-SNP筛选。(2) SRY和USP9Y基因被确证为多拷贝基因，故不能用于水牛Y染色体分子遗传多样性的研究。