随着我国高等教育规模的迅速扩大,高等学校内外部环境更加复杂,教育决策的复杂性增大,我国高等教育改革正式进入深水区。新形势下,传统的高校行政逻辑管理方式越来越无法适应一流学科、一流高校建设的需要,高校学科建设需要基于学科逻辑的制度进行保障。制度是规制内部权力,保证一定域限内部要素平稳运行的基础,而学科制度建设作为能够兼顾高深知识生产和高级人才培养的教育保障制度对高校学科建设改革具有重要指导意义。学科制度建设的发展逻辑在遵循自发生成的原始形态基础上走向了理性建构的现代模式,因此现代学科制度建设只有以学科逻辑为出发点,以制度建设为手段,以学科建设需求为着力点,才能真正构建出蕴含制度理性同时能够切实促进我国学科发展的学科制度。本文从我国学科发展相关制度规定入手,以学科制度建设现状为依据,认为我国高校学科制度建设存在五大特征,分别是以科研为导向的学科队伍培养,以标准客观为特征的学科评价,以知识中心为理念的人才培养,以高校需求为导向的学科基地建设和以国家战略为源点的学科管理。长期以来,我国高校学科制度建设存在因队伍建设理念滞后而导致的学科队伍水平偏低;因学术研究质量保障不健全,而造成的科研评价片面化;因人才培养形式单一,造成的人才培养与社会需求脱节的问题;因学科基地建设较为封闭,造成的学科基地水平参差不齐以及因学科管理行政化而导致的学院管理自主权缺失等问题。在对我国高校学科制度建设进行研究的基础上,分析和探究了世界一流大学学科制度建设经验,发现一流大学的学科制度建设普遍具有高质量的学科队伍构成,全方位覆盖的学科评价体系,构建了多元化的人才培养方式,提供了开放化的学科基地建设,具备了自主化的学科管理方式。高校学科制度建设将成为推动一流大学,一流学科建设的重要支撑,未来的学科制度建设需要更加关注创新发展的学科队伍建设模式,倡导客观多远的学科评价体系,构建质量为先的人才培养体系,突显中国特色的学科基地建设模式,强调重心下沉的院系治理模式。