生物信息学分析核酸外切酶1在肝癌中的异常表达和功能

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目的:基于基因型-组织表达数据库GTEx、肿瘤基因组图谱TCGA等多种来源的公共数据,分析核酸外切酶1(Exonuclease 1,EXO1)基因在正常人体和多种肿瘤中的表达特征,重点关注其在肝癌中的异常表达、临床和预后意义及其可能作用机制。方法:利用GTEx网站分析EXO1在正常人体细胞/组织/器官中的表达情况,利用HPA数据库分析EXO1在正常和肿瘤细胞内的定位,利用TCGA门户网站UALCAN、GEPIA、c Bio Portal等分析EXO1在多种肿瘤,特别是肝癌中的表达特征及其异常高表达的可能机制。同时以包含159对肝癌和癌旁正常组织的RNA测序数据作为独立验证数据集。基于TCGA肝癌RNA测序数据获得与EXO1存在高度相关性的共表达基因,通过STRING构建蛋白相互作用网络,并经Funrich软件进行基因本体(Gene ontology,GO)和通路的富集分析。结果:EXO1主要表达于淋巴细胞中,在少数组织/器官中低水平表达,在包括肝脏在内的多数组织/器官中基本不表达。在正常和肿瘤细胞内EXO1主要定位于细胞核内,包括核浆和核体。而包括肝癌在内的大多数肿瘤组织中显著过表达EXO1。肝癌中EXO1的高表达与人种、肿瘤分化程度和临床分期相关,并与患者更短的总生存时间和无复发生存时间相关。独立验证结果与TCGA数据分析结果基本一致,肝癌组织中显著高表达的EXO1与患者具有瘤栓、高的血清AFP水平、更晚的BCLC和TNM临床分析,以及更短的总生存时间相关。DNA拷贝数扩增和启动子低甲基化是造成EXO1高表达的可能原因。对肝癌组织中EXO1的共表达基因分析显示,EXO1可能通过ATM、ATR、Aurora B等信号通路调控细胞周期进展、DNA复制、DNA损伤修复等生物学过程,从而促进肝癌发生发展。结论:EXO1在正常肝脏中基本不表达,而在肝癌组织中显著高表达,并与更恶性的肿瘤生物学行为和不良预后相关。其可能通过调控细胞周期、DNA复制和DNA损伤修复等生物学过程参与细胞癌变。因此可作为潜在的肝癌诊断和预后标志物,以及治疗干预靶点。
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