本文共三章:第一章研究了大肠杆菌和酿酒酵母全基因组中密码对的使用,通过密码对的观察值与随机期望值的比较,发现密码对的使用有很强的偏好性,密码对的观察值与期望值的分布是随机的;此外,按照Boycheva定义的标准(△REG)研究了密码对的使用与基因表达水平的关系,发现酵母与大肠杆菌两类生物的密码对使用与基因表达水平的关系是相似的;高表达基因偏好△REG为正值的密码对,而低表达基因偏好△REG为负值的密码对。通过曲线的相似性分析,可以推测,真核生物酿酒酵母与原核生物大肠杆菌在密码对的使用上,其机理是相似的。第二章研究了9种模式生物密码对的使用与生物进化的关系,以三种古核菌、三种原核生物、三种真核生物基因组为样本,分别分析了编码序列中密码对、基因间序列中三联体对的模式数目随其频数的分布,验证了这种分布是Г(α,β)分布。编码序列的分布参数α和β与基因组进化相关,基因间序列的分布参数α与进化的相关性与编码序列不同。发现古菌的编码序列进化与原核生物编码序列进化很接近,但基因间序列进化与真核生物基因间序列进化很接近。